Tale rinnovamento si è concentrato su pochi e fondamentali aspetti: alla fine degli anni settanta fu realizzato un adeguamento liturgico provvisorio da parte di Bruno Cassinelli con la rimozione del trono vescovile, la creazione del nuovo coro canonicale (i cui banchi vengono utilizzati anche per le concelebrazioni) e la creazione dell’altare comunitario in legno per la celebrazione rivolta verso l’assemblea che permise di dare risalto al secentesco paliotto in argento e all’urna di S. Alessandro di Pietro Roberti. Sempre a carattere provvisorio alla fine degli ottanta vennero aggiunti un ambone e una sede presidenziale in legno, dopo che il progetto di completo adeguamento dell’arch. Sonzogni venne rifiutato dalla Soprintendenza. Attualmente, quale altare per le celebrazioni viene utilizzata una mensa in marmo con il paliotto in argento mentre un leggio in legno, con formelle dei quattro evangelisti in argento e bronzo argentato, è posizionato sopra la balaustra, nel lato sinistro. La cattedra si colloca a ridosso dell’altare maggiore, su di una pedana rialzata da tre scalini in legno rivestito d’un tappeto rosso, secondo un disegno dell’artista Elio Bianco. In ultimo accenno va dato alla custodia eucaristica. Secondo le ultime indicazioni sarebbe preferibile non collocare il tabernacolo sulla mensa della Cena del Signore, ma si raccomanda vivamente che il luogo in cui si conserva la santissima Eucarestia sia situato in una cappella adatta alla preghiera privata e all’adorazione dei fedeli. Questa funzione nella chiesa madre bergamasca è svolta dalla Cappella del Crocifisso di Rosate, luogo di raccoglimento e preghiera, edificata entro il 1866 in pianta quadrata di limpida ascendenza rinascimentale che contrasta con la ricca decorazione degli stucchi.

Un particolare riferimento è da farsi su canto e musica che da sempre hanno avuto un ruolo importante nelle celebrazioni liturgiche in quanto, andando oltre il dato estetico dell’espressione artistica, espressioni di preghiera e glorificazione di Dio. È però con il Concilio Ecumenico Vaticano II, concretizzata dalla riforma liturgica, che il canto dell’assemblea diviene la forma di partecipazione attiva alla liturgia più efficace, completa e simbolica. Un’assemblea che canta è espressione visibile della fede di una comunità e simbolo dell’unità di coloro che la compongono, nella fusione completa delle diverse voci. Perché canto e musica sacra possano davvero aiutare la liturgia ad esprimersi al meglio essi devono rispettare precisi requisiti teologici e artistici. Per quanto riguarda la musica in particolare si stabilisce chiaramente l’assoluta preferenza verso l’organo a canne rispetto a qualsiasi altro strumento. È il Concilio stesso ad esprimesi in modo definitivo: “Nella Chiesa latina si abbia in grande onore l'organo a canne, strumento musicale tradizionale, il cui suono è in grado di aggiungere notevole splendore alle cerimonie della Chiesa, e di elevare potentemente gli animi alle realtà celesti” (SC 120). Una preferenza dovuta sia alla tradizione musicale dell’Occidente cristiano sia alle potenzialità musicali proprie dello strumento stesso. A questo proposito nella Cattedrale di Bergamo la musica può garantire un apporto vitale proprio grazie ad un’interessante presenza di organi, curati in modo continuo nel corso dei secoli, e ancora oggi conservati con attenzione. Uno dei due organi, costruito da Felice Bossi nel 1842, è collocato nella cantoria sinistra ed è stato riportato allo splendore originario nel 1995 dagli organari varesini Mascioni. Nella cantoria di destra troviamo invece un secondo organo costruito dall’organaro Pietro Corna nel 2009-2010 che ingloba il vecchio organo della ditta Balbiani Vegezzi Bossi (realizzato nel 1943 e già restaurato nel 1995) originariamente collocato in coro. Lo spostamento nell’attuale posizione è avvenuto nel corso dei grandi lavori svolti tra 2004 e 2008 per la necessità di poter ripensare i diversi luoghi liturgici. Interessante inoltre è il piccolo organo a trasmissione meccanica costruito dall’organaro Silvio Zambetti di Curno nel 2009 e collocato all’altare dell’Addolorata, dove canta ordinariamente la Cappella Musicale. Uno strumento agile e compatto, facilmente trasportabile, pensato per il sostegno delle voci del coro, a sua volta parte, sostegno e aiuto dell’assemblea.