È stato un umanista, grammatico e poeta portoghese. Si dedica allo studio del latino, del greco antico, dell'ebraico, oltre ad altre lingue semitico-camitiche, come il siriaco, e della filosofia. Per ordine superiore e contro la sua volontà, studia teologia. Nel 1553 entra a far parte della facoltà del Colégio de Santo Antão a Lisbona. Il successo delle sue lezioni è così straordinario che la Compagnia di Gesù gli affida l'elaborazione di una grammatica latina da adottare obbligatoriamente in tutte le scuole dei Gesuiti nel mondo. È anche un abile oratore, poeta elegiaco, e redattore delle lettere dei sacerdoti della Compagnia di Gesù in missione in India. È rettore del Colégio das Artes di Coimbra tra il 1561 e il 1566, dirige la casa professa di S. Roque a Lisbona tra il 1574 e il 1575 ed è nominato rettore dell'Università di Évora nel 1573. Il metodo alvaristico, come viene definito il suo metodo pedagogico, è stato oggetto di diatribe accademiche, favorevoli o contrarie all'opera.