Aménagement liturgique
Il progetto originario di Frezzotti prevedeva un presbiterio esteso fino alla parete absidale, rivestita alla base da uno zoccolo marmoreo di nero del Belgio e cipollino; la balaustra venne realizzata in un secondo tempo. L’altare originale, nella forma tridentina, posto alla sommità di una gradinata, era collocato in posizione leggermente arretrata. Addossato al pilastro sinistro dell’arco trionfale fu realizzato il pulpito, mentre nelle pareti furono costruite le cantorie sopraelevate, tutt’ora esistenti, una delle quali doveva ospitare l’organo. Frezzotti disegnò anche gli arredi, prevedendo la collocazione della sede all’inizio della parete destra del presbiterio e quella del confessionale appoggiato a una lesena dell’aula. Lo spazio aperto a sinistra del nartece, contenente una vasca e sormontato da un bassorilievo bronzeo con il Battesimo di Cristo, era stato destinato in origine a battistero.
Il presbiterio attuale è il risultato di lavori di adeguamento eseguiti nel 1986 che hanno ridotto lo spazio del presbiterio originario mediante l’innalzamento di una parete curvilinea che funge da quinta nella quale si stagliano la cattedra lignea e gli stalli dei canonici. L’originario rivestimento marmoreo è stato in parte sostituito e la nuova parete è stata decorata con un mosaico a motivi eucaristici ed ecclesiologici. L’altare attuale, che riutilizza la sola mensa del precedente (in cui l’applicazione decorativa con il Leone di San Marco è stata sostituita da un Agnello mistico), è stato posto sopra un piano rialzato da due gradini di forma circolare, in posizione più avanzata. Al limitare dell’area presbiterale è stato collocato un ambone ligneo di semplice fattura con intarsi alludenti allo Spirito Santo. Dopo lo smantellamento del pulpito, addossato al pilastro sinistro è stata realizzata la custodia eucaristica su uno sfondo di mosaici a tema eucaristico che riprendono quelli del presbiterio. Nel lato opposto, nello stesso punto ove era posizionata la precedente, è stata collocata la nuova cattedra lignea leggermente rialzata. Nella prima cappella di sinistra, senza un contesto decorativo adeguato, è stato realizzato il nuovo fonte battesimale a foggia di pozzo con vera in travertino, ferro curvilineo e tabernacolo per gli oli santi. L’immagine del patrono San Marco è una statua bronzea collocata in prossimità dell’altare sopra un’alta base, mentre una delle cappelle santorali è dedicata a Santa Maria Ausiliatrice. I confessionali sono ancora distribuiti nell’aula.