La disposizione attuale del presbiterio e, in conseguenza, della cripta risale agli interventi progettati nel 1974 dall’architetto Furio Fasolo con la collaborazione di padre Ermanno Cambiè. I lavori, che miravano principalmente a indagare e riportare in luce i resti dell’originario tempio pagano, comportarono lo smembramento dell’altare a dossale con lo spostamento della mensa, rialzata di due gradoni, al limitare del coro; il paliotto rimase invariato, mentre posteriormente l’altare venne chiuso da una grata in ferro battuto realizzata da Italo Fornari. Il tabernacolo ha trovato posto nella nicchia sinistra del presbiterio. Rimossa la balaustra, due piccole parti sono state mantenute in loco simmetricamente all’altare e riutilizzate come amboni; sulla colonnina di sinistra vi è un leggio in bronzo, opera di Gabriele Jagnocco, raffigurante gli Evangelisti. La cattedra marmorea, addossata al muro absidale centralmente al coro ligneo, fatta realizzare nel 1597 dal vescovo Marcantonio Colonna (1587-1597), risulta rialzata con materiale recuperato dalla predella dell’altare; due stalli laterali in pietra per i concelebranti sono stati rimossi e sostituiti con due capitelli utilizzati come sedili.
Al lato sinistro dell’ingresso si trova dal 1965 il fonte battesimale, precedentemente collocato lungo la navata, dove si apre la sacrestia: si tratta di una vasca circolare in travertino realizzata nel XIX secolo, sorretta da una colonna in marmo portoro, con coperchio in rame dorato sbalzato opera di Nicola Russo. Normalmente, tuttavia, il battesimo è amministrato nell’area presbiterale, utilizzando un bacile mobile posto su una colonna marmorea accostata al muro di sinistra. La navata di sinistra conduce alla cappella del Santissimo Sacramento, già esistente nel XV secolo e restaurata nel XVI, che serve anche alla celebrazione della messa feriale; all’interno di essa e nelle vicinanze sono disposti i confessionali. La cappella adiacente, utilizzata come coro d’inverno, conserva nella sua parte ipogea le spoglie dei vescovi diocesani.
L’attuale organo, realizzato dalla ditta Vincenzo Mascioni, è stato installato nel 1964.
Nel quinto pilastro di destra, in prossimità del presbiterio, è ancora in situ un pulpito in marmo sormontato da un baldacchino ligneo, la cui scala di accesso e il crocifisso bronzeo sono stati realizzati nel 1960 da Francesco Coccia.
I due battenti di bronzo attuali sono opera dell’architetto De Angelis, con la collaborazione di Elena Mennini, nel 2009, in sostituzione del portale precedente del 1967 realizzato da Nicola Russo.
La cappella del Santissimo Sacramento con l’antica cattedra lignea