Alcune sostanziali modifiche del presbiterio vennero già effettuate nel periodo preconciliare. Tra il 1950 e il 1952 infatti, l’arca dei SS Teonisto, Tabra e Tabrata venne riportata sull’altare maggiore, ove si trovava originariamente, e al di sopra vi fu sospeso il crocifisso del XV secolo, che era nel vicino battistero. L’altare seicentesco della cappella del SS. Sacramento fu collocato, nella cappella di S. Sebastiano. Nella navata erano ancora esistenti, sul pilastro di sinistra, il pulpito del XIX secolo e, di fronte sulla destra, il seggio episcopale per l’ascolto dell’omelia.
Un primo e provvisorio intervento di adeguamento liturgico viene poi realizzato tra gli anni ’60 e gli anni ’70, per volere del vescovo Antonio Mistrorigo. Tale soluzione, prevedeva la rimozione della scala e delle balaustre settecentesche, realizzando una gradinata più avanzata verso l’aula. Il nuovo altare, rivolto al popolo, veniva quindi collocato più avanti, al limite anteriore dello spazio sottostante la cupola, progettata nel XVIII secolo dal Riccati. L’ambone era posto sulla sinistra, immediatamente alla sommità della scala. La cattedra episcopale, era invece addossata al muro, sempre sulla sinistra davanti ad un’apertura tra il presbiterio e la cappella del Santissimo. La sede ordinaria, posta sulla destra, era rivolta verso l’assemblea
Successivamente alla fine degli anni ’80, il nuovo vescovo Mons. Paolo Magnani, fece apportare ulteriori provvisorie modifiche sostituendo l’altare con uno che utilizzava elementi decorativi barocchi, e l’ambone con uno in legno dorato. Anche la cattedra episcopale veniva sostituita da una poltrona mobile di uguale fattura, rivolta però verso l’assemblea.
L’attuale adeguamento, nato dalla non soddisfacente organizzazione dello spazio celebrativo fino ad allora adottata, fu affidato all’architetto Roberto Fontana nel 1996 e si è concluso, dopo alcune proposte interlocutorie, nel 1999. Esso doveva “ottemperare alla richiesta da un lato di uno spazio più consono ed ampio per le ordinazioni sacerdotali;(…)dall’altro bisognava fissare l’altare, la cattedra vescovile e l’ambone”..Sono stati così realizzati: l’ulteriore “avanzamento di tutto il presbiterio di circa due metri e mezzo verso l’aula inglobando lo spessore antistante ai pilastri laterali”, l’abbassamento di un’alzata e il prolungamento dell’area presbiterale fino quasi a metà dello spazio sotto la prima campata.
Come altare è stata recuperata l’arca del Beato Enrico da Bolzano ed è stato posizionato, sotto l’arco santo, al limite tra il presbiterio e la navata. L’ambone posto sulla destra, alla sommità della gradinata, e la cattedra episcopale, posta diagonalmente a ridosso del pilastro di sinistra, sono stati realizzati in bronzo chiaro dorato dallo scultore Mario Rudelli. Essi presentano dei rilievi che richiamano rispettivamente, per l’ambone l’iconografia della Risurrezione, e per la cattedra quella della Chiesa missionaria nei suoi pastori e nei suoi fedeli. La sede ordinaria, in legno, è collocata invece sulla destra in posizione diagonale, in prossimità dell’apertura che collega il presbiterio con la cappella dell’Annunziata. Per la gradinata e la fascia perimetrale del pavimento sono stati usati il marmo rosso di Verona mentre per le alzate e il pavimento dell’area liturgica marmo giallo reale.
Il fonte battesimale della vicina chiesa di S. Giovanni Battista è utilizzato solo per impartire il battesimo fuori dalle celebrazioni eucaristiche. Diversamente viene utilizzata una bacinella posta sul presbiterio.
In occasione del Giubileo è stato fatto costruire un nuovo organo che è stato collocato nella cappella di S. Sebastiano. Davanti ad esso, durante le celebrazioni, trova abitualmente posto il coro. Non è mai stata realizzata una penitenzieria.
Nel 1999, durante i lavori di modifica del presbiterio, è stato realizzato il nuovo impianto elettrico, che si è però limitato ad un’illuminazione di tipo ambientale senza alcuna relazione con le celebrazioni liturgiche.
La Cattedrale fino al 1950
L'adeguamento provvisorio degli anni '70
L'ambone
L'altare maggiore
La Cappella del Santissimo Sacramento con la custodia eucaristica
La cattedra episcopale dello scultore M. Rudelli
Il fonte battesimale nella chiesa di di S. Giovanni Battista