Nel duomo di Comacchio fin da prima del Concilio era in uso un altare mobile, collocato all’interno del presbiterio antico. In un primo e temporaneo intervento di adeguamento alla nuova liturgia lo si è sostituito con un altare di forma analoga a quello maggiore, realizzato in legno dipinto e collocato all’esterno delle balaustre. Quale sede ordinaria veniva impiegata una semplice seduta in legno e velluto, situata sul lato destro, mentre sul lato sinistro trovava posto l’ambone, un normale leggio.
La soluzione oggi in uso, frutto di una serie di interventi effettuati nel periodo 1990 –1996, riprende questa disposizione spaziale e introduce un più efficace sfruttamento della sopraelevazione di circa 40 cm del pavimento della campata antistante al presbiterio. Tutti i lavori fin qui effettuati sono stati coordinati dal parroco a cui è tuttora affidata la chiesa, senza l’intervento di un architetto e di un liturgista. E’ stato realizzato un nuovo altare di rilevanti dimensioni (metri 4,60 x 1,40), collocato su di una predella in legno rivestita di moquette e caratterizzato da una sequenza di sette colonnine binate sulle quali poggia la mensa in marmo. Sono stati sostituti anche l’ambone, una sorta di tribuna con predella, e la sede ordinaria, dotata di dossale e sedute laterali. Entrambi i manufatti sono in legno e riprendono i caratteri formali del coro absidale. La cattedra, che ha mantenuto la propria precedente collocazione, presso il lato sinistro all’interno del vecchio presbiterio, è ora priva del baldacchino e rivestita, sia nella seduta che nel dossale, con le stoffe dei colori prescritti dai vari tempi liturgici.
La schola si pone nella cappella alla sinistra del presbiterio, sul cui altare si trova anche la custodia eucaristica. L’organo è sistemato nella cantoria in controfacciata.
Per le celebrazioni feriali viene in genere utilizzata la grande cappella di sinistra a metà dell’aula. E’ invece assai raramente impiegato il fonte battesimale, sito nella cappella precedente, sempre sulla sinistra. Manca una penitenzieria adeguata e sono ancora in uso i confessionali disposti lungo la navata. La chiesa dispone di un sagrato, utilizzato nella veglia della notte di Pasqua e talvolta durante i riti funebri.
Nel 2006 è stato anche ultimato l’adeguamento dell’impianto di illuminazione, solo parzialmente modulato alle esigenze dei diversi momenti liturgici.