L’area presbiterale, nella forma definita a seguito dei lavori di ricostruzione nel dopoguerra (1948-1950), risultava ampia, rialzata dal pavimento della chiesa da sette scalini e delimitata da una balaustra di travertino, in origine interrotta da tre cancelli in ferro battuto, ora interamente rimossi. Al di sotto dell’area presbiterale si trova la cripta, alla quale si accede da due scale laterali, attualmente destinata a museo di arte sacra. Originariamente, l’altare maggiore in marmo era affiancato a sinistra dalla cattedra episcopale, sormontata da un baldacchino in legno, mentre in abside si trovava il coro ligneo dei canonici.
Dal 1° novembre 1975, un nuovo altare, realizzato su progetto di Roberto Mauti e dedicato dal vescovo Carlo Minchiatti (1971-1982), campeggia al centro della tribuna presbiterale, composto da una mensa rettangolare in marmo calacatta sostenuta da uno stipe composito, dove spiccano quattro blocchi verticali scolpiti in pietra bianca, provenienti dal rimosso altare della cripta, e un fregio orizzontale romano, databile al II-III secolo d.C., che ha come tema il passaggio dalla ritualità pagana al sacrificio eucaristico. A lato è posta un crocifisso in legno di dimensioni notevoli che, da pochi anni, ha sostituito l’esile croce astile retta da una base in pietra, in linea con la composizione dell’altare.
La cattedra in travertino, posta, secondo l’uso romano, al centro della curva absidale, si mostra come una semplice sovrapposizione di solidi accompagnata da sei seggi per lato, realizzati in travertino martellinato con sedile concavo; la cattedra e i dodici seggi sono rialzati da una pedana marmorea. Per la celebrazione senza il vescovo si utilizza, collocata davanti all’altare, una poltrona dorata per il presbitero accompagnata da due sgabelli laterali, posti sopra un tappeto orientale.
La tribuna del pulpito un tempo nella navata sinistra, è stata riutilizzata come ambone. Di fianco, la scultura, ritenuta precristiana, di un leone che regge un capitello con ghiera metallica funge da candelabro pasquale.
Il fonte battesimale è collocato in prossimità dell’ingresso, nell’angolo del primo pilastro a sinistra, come insieme stereometrico concentrico di stipe e vasca, chiuso da un coperchio. Al termine della navata sinistra si trova l’altare del Santissimo Sacramento, che riutilizza un paliotto barocco a intarsi marmorei, con il tabernacolo inquadrato in una raggiera a mosaico, realizzato da Geraldo Della Torre in occasione del Giubileo del 2000.
Un solo confessionale è posizionato nella navata destra.
Per iniziativa degli arcipreti don Valentino Turchetta e don Antonio Vano, fu intrapresa la decorazione interna in due fasi, rispettivamente nel 1961 e nel 1967. All’artista bergamasco Fernando Monzio Compagnone furono commissionati gli affreschi dell’abside (I quattro santi patroni), che fiancheggiano il precedente mosaico col Martirio di san Bartolomeo (1951), della calotta (La Trinità) e dell’arco absidale (La Madonna e gli Evangelisti). In un secondo tempo fu eseguito, nell’arcone d’ingresso, un affresco commemorativo dell’elevazione della cattedrale a basilica minore nel 1959, in cui sono ritratti Pio XII e molti prelati del tempo e, in controfacciata, un trittico dedicato a San Giovanni Battista, patrono civico.