La chiesa è a pianta a croce latina con un portale cinquecentesco in corrispondenza del presbiterio sulla facciata laterale mentre la facciata principale, realizzata con il caratteristico laterizio a vista, presenta una rientranza centrale che ospita il portale di ingresso, in laterizio, e una finestra, decorata con l'immagine della Resurrezione di Cristo, che illumina la navata. Il portale d'ingresso è sormontato da una lunetta in ceramica raffigurante la Madonna con il Bambino con a lato i patroni della città: S. Vittore e S. Stefano, opera di A. Politi del 1962, come riedizione del tema trattato nella pala di E. Van Schayck posta all'interno.
L'interno si presenta con arcate schiacciate ed ornamenti barocchi. La sacrestia ha sede in una grande sala settecentesca coperta a volta nei cui angoli, sopra il cornicione, sono poste delle conchiglie tipiche della decorazione vanvitelliana, ed al cui centro troviamo lo stemma della Confraternita.

• Cripta
  • Nella chiesa Collegiata di santo Stefano la cripta è posta al di sotto del presbiterio e costituisce in parte le fondamenta dell'attuale tempio. Durante il lavori effettuati nel 1999 per consolidare le volte collassate della cripta, è venuto alla luce uno splendido arco a cinque teste sulla parete che divide la sacrestia e il presbiterio, testimone evidente della precedente chiesa del SS. Sacramento del 1500. Sulla parete nord è presente un affresco reso quasi illeggibile dall'incuria e dal tempo che testimonia come un tempo vi fosse una cappella dedicata alla Madonna del Suffragio. Si accede alla cripta da due entrate: una posta nella parte laterale della chiesa, quella che dà su piazza del Comune; l'altro lungo Via Roma, al di sotto dei locali dell'attuale sacrestia.
• Impianto strutturale
  • La chiesa è realizzata in muratura portante. La sua pianta a croce latina è stata ottenuta unendo l'antica struttura della Pieve con la preesistente chiesa del SS. Sacramento.

• 1491 ‐ 1491 (prima edificazione intero edificio)
  • Nel 1491, grazie all'interessamento del pievano di S.Stefano, venne costruita la prima chiesa in pietra e copertura in legno donati dalla comunità.
• 1571 ‐ 1571 (seconda edificazione intero edificio)
  • Nel 1571, grazie ad una donazione da parte del comune, viene costruita una seconda chiesa sulle fondamenta della precedente.
• 1639 ‐ 1639 (terza edificazione intero edificio)
  • Nel 1639 viene inaugurata una terza chiesa, più grande, costruita sulle precedenti.
• 1743 ‐ 1770 (ristrutturazione intero bene)
  • Dal 1743 al 1770 la chiesa viene ristrutturata per avvicinare le sue linee architattoniche allo stile del Vanvitelli.
• 1962 ‐ 1962 (restauro intero bene)
  • A seguito dei danni causati dal passaggio del fronte durante la seconda guerra mondiale furono necessari dei lavori di restauro che terminarono nel 1962.
• 1975 ‐ 1975 (decorazione finestre)
  • Decorazione delle finestre sopra l'abside e sopra l'ingresso
• 2000 ‐ 2000 (consolidamento torre campanaria e tetto)
  • recentemente consolidati a cura degli architetti Volpini e Tombolini

• altare ‐ intervento strutturale (anni '70)
  • Il nuovo altare, detto Altare Conciliare, venne sistemato al centro con la presidenza, l'ambone con i quattro evangelisti e la mensa d'altare con con il paleotto decorato; lavoro completamente in gres e realizzato dall'Arte Sacra Vitali di Foligno.