La chiesa di San Giovanni Battista o meglio chiamata per tradizione di San Giovanni al mercato, secondo alcuni storici locali, è stata costruita nel secolo XII, come testimonia una epigrafe del 1127. Subirà una generale revisione e quindi una nuova struttura dutante il XVIII secolo, mentre solo sotto Mons. Passaro (1856 -1890) sarà arricchita dell'attuale facciata in stile neoclassico, lo stesso stile è mantenuto internamente all'edificio.
La chiesa è costituita da una sola navata. E' arricchita da un piccolo transetto che raccorda la navata con il presbiterio. L'aula non ha altari laterali. Altari che dovevano essere presenti soprattutto nel transetto ma che certamente sono stati rimossi nel momento in cui si è scelto di farla diventare chiesa dell' adorazione permanente. Il transetto e l'aula liturgica sono arricchiti da preziose opere pittoriche. Pregiato è l'ancona in pietra scura, appartenente alla famiglia "de Pazzis", che incornicia plasticamente lo spazio per l'esposizione del Santissimo Sacramento.

• Coperture
  • Le coperture sono state realizzate con delle capriate in legno, tavolato ricoperto con tegole.
• Elementi decorativi
  • Internamente il soffitto a botte non ha pregevoli elementi decorativi. Un elegante cornicione modenato corre lungo tutta la chiesa.
• Impianto strutturale
  • La chiesa è a pianta latina. Un unica navata, con due modesti bracci di crociera e un abside quadrato.

• XII ‐ 1127 (restauro carattere generale)
  • Da un epigrafe custodita nel cortile dell'episcopio di Troia risulta che la chiesa è stata completata nel 1127. Così recita l'epigrafe: "Sono la porta della voce che indicò il Verbo, che morendo, giustificò il genere umano e immeriti chiamò noi al Regno dei Cieli - Nell'Anno dell'Incarnazione del Signore 1127 - quinta Indizione - alle calende di maggio - questa fabbrica fece il pio arciprete Ursone".
• XXI ‐ 2016- 2017 (resaturo carattere generale)
  • L'intervento ha riguardato la riparazione delle intere coperture. La riqualificazione dei fronti prospettici e l'adeguamento dell'impianto elettrico dell'intera chiesa.
• XVIII-XIX  ‐ 1777 -1890 (restauro carattere generale)
  • La ricostruzione della chiesa inizia il 20 gennaio 1777, durante il vescovado di Mons. M. De Simone su disegno del maestro Francesco Giora, di origini calabresi, a spese della Mensa Vescovile e terminerà molti anni dopo. La facciata neoclassica è stata rifatta durante l'episcopato di Mons. T. Passaro.

• altare ‐ aggiunta arredo (1965 - 1975)
  • L'attuale altare secondo la riforma liturgica del Vaticano II, è stato realizzato negli anni settanta riutilizzando degli elementi lapidei esistenti. Al centro dei due pilastri è stata posto un bassorilievo della cena di Emmaus fatto realizzare dal vescovo Mons. Pirotto.
• ambone ‐ aggiunta arredo (1965 -1975)
  • L'ambone non esiste, si usa un leggio in metallo.
• cattedra ‐ aggiunta arredo (1965 - 1975)
  • La sede presidenziale è costituita da tre sedie seicentesche, provenienti dall'ex-Monastero delle Benedettine.
• presbiterio ‐ aggiunta arredo (1965 - 1975)
  • Il presbiterio sistemato negli anni sessanta, è stato arricchito da una ancona cinquecentesca in pietra locale per fare da cornice all'ostensorio per l'adorazione.