Chiesa basilicale d'impianto a croce latina triabsidata a tre navate con cappelle laterali. All'incrocio transetto - nave principale. La copertura è una pseudocupola policentrica su pennachi sferici ribassati. Ampia e profusa la sequenza decorativa di stucchi composta di putti tra festoni dorati che connettono in una sequenza quasi initerrotta tutti gli elementi archiettonici. La pregevole pavimentazione valvassoriana si configura come un geometrico contrappunto piano alla ridondanza decorativa degli elevati, composto di volute connesse a riquadri bianchi e neri con tarsie marmoree tra abside e transetto.La facciata, ripartita sui due ordini ionico e corinzio è scandita da colonne e lesene, nicchie semicircolari e finestre. Al centro un imponente portale in travertino. Conclude la facciata un timpano triangolare con decorazione di guglie in travertino.

• Preesistenze
  • A memoria della originaria cappella si conserva un'iscrizione con dedica alla Madonna dell'Orto collocata nell'ingresso al cortile interno.
• Struttura
  • Il coprpo di fabbrica è costituito dall' aula di culto, dalla casa canonica e da un cortile interno.
• Coperture
  • La copertura è realizzata con struttura portante in legno e finita con coppi ed embrici alla romana.
• Facciata
  • La facciata realizzata da muratura in mattoni ed elementi in travertino è ripartita su due ordini: quello inferiore caratterizzato da colonne e lesene con capitelli ionici, il superiore da lesene con capitelli corinzi. Al centro un imponente portale in travertino sormontato da un timpano semicircolare e sorretto da due colonne ioniche. Gli altri due portali laterali, di dimensioni ridotte, ugualmente in travertino sono conclusi da un un timpano triangolare; L’ordito della muratura è scandito da nicchie semicircolari e da due finestre semicircolari in corrispondenza dei portali laterali e di un finestrone centinato con cornice in travertino in corrispondenza dal timpano centrale. Al di sopra l’orologio ottocentesco in travertino. Conclude la facciata il timpano triangolare e la decorazione dei pinnacoli in travertino.
• Interno
  • L'interno della Chiesa, a tre navate divise da pilastri con altrettante cappelle per lato, presenta, una terminazione triabsidata, resto dell’originale impianto centrale, che costituisce il transetto e l’abside.
• Elementi decorativi
  • L'interno della Chiesa è ricco di pitture e marmi, ma la sua peculiare caratteristica è la profusione di stucchi bianchi e dorati che ornano le volte, la crociera e l'abside, realizzati da maestranze settecentesche.
• Elementi decorativi
  • Le cappelle della navata di destra - al cui inizio è il sogno di San Giuseppe (1706) - sono rispettivamente così dedicate: Annunciazione - Altare: Maria annunciata all'Angelo (1561) di T. Zuccari, restaurata nel 1998.Alle pareti: S. Gabriele Arcangelo (1875) di V. Monti, S. Giuseppe di Giovanni Capresi (1878). S. Caterina d'Alessandria - Altare: Sposalizio mistico della Santa (1711) di F. Zucchetti. Pareti: S. Paolo e S. Pietro, affresco di anonimo del sec. XVII. Restauri 1970-1971. Ss. Giacomo, Bartolomeo e Vittoria - Altare: Vergine col Bambino e Santi, di G. Baglione (1571-1644). Pareti: Martirio d'un santo diacono e martirio di S. Andrea Apostolo, affreschi del Baglione. Le piccole volte innanzi a ciascuna cappella vennero affrescate, con la Gloria dei rispettivi titolari, dalla scuola del Garzi (1706). Cappella del transetto dedicata al SS. Crocefisso - Sottarco: Resurrezione, affresco di G. Calandrucci (1646-1707). Pareti: Storie della Passione, affreschi di N. Trometta da Pesaro (1550-1622). Sulla porta in fondo alla nave: Discesa dello Spirito Santo (1704) di A. Procaccini. Altare maggiore, disegno di Giacomo della Porta. Vi si venera l'immagine di S. Maria dell'Orto risalente ai primi del Quattrocento. L’icona fu distaccata con tutta la porzione muraria dal suo sito originario e collocata prima al centro della chiesa, dove viene ricordata da una epigrafe e nel 1556 sull’altare maggiore. Nel 1860 che essa venne traslata sulla tela ovale di circa e custodita nella nicchia absidale. Abside - Affreschi di Taddeo e Federico Zuccari, del Baglione e di C: Torelli raffiguranti storie della Vergine. Vetrata policroma con monogramma mariano formato da frutti (sec. XVIII). Nella volta del transetto la Concezione (1706),affresco d'autore ignoto Sulla porta in fondo alla navata sinistra: Incontro di S. Anna con S. Gioacchino (1704) di A. Procaccini. Cappella del transetto dedicata a S. Francesco d'Assisi - Altare: statua del Santo (sec. XVII). Sottarco: Gloria di S.Francesco d'Assisi, affresco di M. Garzi (1721). Pareti e pilastri: Storie del Serafico, affreschi di Niccolò Martinelli detto il Trometta. Le cappelle della navata sinistra sono dedicate rispettivamente ai: Ss. Carlo Borromeo, Ambrogio e Bernardino da Siena - Altare: Vergine col Bambino e Santi (1640-41) opera datata e firamta da g. Baglione Pareti: scene della vita dei Santi Ambrogio e Carlo sempre del Baglione. S. Giovanni Battista - Architettura di G. Valvassori (1750). Altare: Battesimo di Gesù (1750) del Giaquinto. Pareti: Predica e decollazione del Precursore (1779) di G. Ranucci, restaurato nel 1970 – 1971. S. Sebastiano - Altare: il Santo curato dagli angeli (1624), opera datata e firmata da G. Baglione. Pareti: S. Antonio da Padova e S. Bonaventura sempre del Baglione, restaurata nel 1970 -1971. Sulla porta d'ingresso della navata: Adorazione dei pastori, affreschi della scuola del Garzi, nel mezzo della volta della navata centrale: l'Assunzione di Maria Vergine (c.1707) di G. Calandrucci.
• Oratorio
  • Annesso alla Chiesa vi è l'Oratorio, un ambiente a pianta rettangolare con volta a padiglione, a cui si può accedere dal cortile interno porticato e dall’aula del vestiario dell’Arciconfraternita. Costruito nel 1563, come riporta l’iscrizione dedicatoria sul portale d’accesso, l’Oratorio è riccamente decorato con dipinti murali, tele e stucchi di epoche diverse. Restano dei decori cinquecenteschi i motivi a candelabra negli strombi delle finestre. L’impianto decorativo, attualmente visibile, è da attribuire alle maestranze che lavorarono alla decorazione della Chiesa nei primi anni del ‘700, in occasione dell’anno giubilare, La decorazione si sviluppa su due registri e riflette temi ed iconografie sacre ricorrenti ma senza un percorso narrativo logico. La parte inferiore è decorata da tele e dipinti murali, inseriti in tondi a stucco dipinto o dorato che si raccolgono in basso in cartigli con iscrizioni dorate riferite ai soggetti rappresentati ( lato sinistro “Santa Chiara”, l’”Arcangelo Gabriele”, “San Filippo Neri”, “La testa di San Giovanni Battista”, “La fuga in Egitto”, “San Domenico”; al centro “ Le Santissime Stimmate di San Francesco”; lato destro “San Antonio da Padova”, “San Bartolomeo Apostolo”, “L’assunzione di Maria Vergine”, “San Pietro Apostolo”, “Santa Teresa”, “Il presepio”; al centro “San Marco Evangelista”). La parte superiore presenta sul timpano che sovrasta l’altare “L’Annunciazione”, sul portale d’entrata “L’Adorazione dei Pastori”, sulla parete destra “Il riposo in Egitto”, “Le anime del Purgatorio” e “La Sacra Famiglia”, sulla parete sinistra “San Ignazio”, “San Giovanni Battista” e “San Carlo Borromeo”. Nel riquadro al centro della volta è rappresentata “L’Ascensione della Madonna” con la data iscritta 1702. Un’altra iscrizione fa risalire al 1822 gli ammodernati nelle cromie dei fondi degli affreschi e degli stucchi, l’aggiunta di zone decorate a finto marmo, le coloriture dei cartigli e delle foglie di quercia. Infine, nel 1852 viene sistemato l’altare in marmo seicentesco, proveniente dall’antico ospedale all’epoca della sua trasformazione in Manifattura dei Tabacchi.

• XV ‐ XV (menzione intorno)
  • Sul finire del '400, la parte di Trastevere verso il porto di Ripa Grande era pressoché disabitata e quasi interamente coltivata ad orti. In questi luoghi, il Fanucci riporta, l' origine del titolo di Santa Maria dell’Orto, riferendosi ad un miracolo accaduto intorno al 1488, che ebbe grande risonanza in tutto il rione: “(…) ritrovandosi una devota persona in infermità incurabile e avendo visto un'immagine dell'Immaculatissima Vergine Maria in una muraglia molto vecchia dentro di un orto … fece voto, che se della detta infermità guariva, terrebbe una perpetua lampada accesa innanzi alla suddetta figura…" (Fanucci). Ne nacque una devozione popolare per l'immagine che diede origine all'erezione di una prima piccola cappella votiva.
• 1494 ‐ 1513 (inizio lavori intero bene)
  • Le prime notizie certe sull'edificazione di un edificio di culto dedicato alla Madonna dell'Orto risalgono al 1494, anno in cui viene acquisito un terreno attiguo alla Chiesa per edificare una "comoda abitazione per il cappellano". Si suppone che le opere per la costruzione dell'edificio proseguirono fino al 1513.
• 1523 ‐ 1524 (completamento intero bene)
  • Il Fasano riporta una ricevuta di pagamento del Maestro Sebastiano che attesterebbe la ripresa dell'attività edilizia nel 1523; l’anno successivo a questa data vennero consacrati gli altari.
• 1541 ‐ 1563 (completamento intero bene)
  • Tra il 1541 ed il 1553 è attestata una ripresa dell’attività edilizia con la parziale esecuzione delle volte. Gli anni successivi al 1563 segnano il momento centrale nella storia della fabbrica della Chiesa grazie all’intervento dell’architetto Guidetto Guidetti, al quale si deve il completamento della planimetria attuale a forma di croce latina a tre navate con cappelle laterali per ciascuna parte e la realizzazione della volta a vela all’incrocio del transetto, più adatta ad essere sostenuta dagli esili pilastri rispetto alla preventivata cupola di chiusura. Nel 1556 fu completata l’abside con gli affreschi delle “Storie di Maria” di Taddeo e Federico Zuccari e la sistemazione dell’immagine della Madonna dell’Orto. Nel 1561 ebbero inizio i lavori per la realizzazione della sacrestia, mentre nel 1563 fu conclusa la costruzione dell'oratorio.
• 1568 ‐ 1568 (completamento facciata)
  • La facciata, riferita dalla tradizione letteraria a Martino Longhi, è stata invece attribuita a Jacopo Barozzi da Vignola, sulla scorta di una rigorosa interpretazione stilistica effettuata da Gustavo Giovannoni. Essa venne realizzata e completata entro il 1568 su disegno del Vignola con l’assistenza del figlio Giacinto. Con l’aggiunta dell’orologio, l’apertura del finestrone, in sostituzione dell’oculo vignolesco e la scomparsa dei gradini del portale principale (avvenuta col rialzo del piano stradale nel 1800) la facciata assunse il suo aspetto definitivo.
• 1700 ‐ 1750 (decori  interno)
  • Ai primi del ‘700 risale la decorazione a stucco, riferibile al disegno degli architetti Luigi Barattone e Gabriele Valvassori e agli scultori Simone Giorgini e Leonardo Retti per le figure. Intorno al 1750, su disegno del Valvassori, venne eseguito il pavimento.
• 1863 ‐ 1970 (urbanizzazione intorno)
  • La costruzione della Manifattura Tabacchi nel 1863, ma principalmente il suo ampliamento nel 1970, ha sottratto alla Chiesa il suo originario respiro; inoltre, la scuola Regina Margherita, costruita tra il 1886 e il 1888, ne ha modificato la visione complessiva della facciata, ora visibile solo di scorcio.
• 1984 ‐ 1995 (restauro e consolidamento intero bene)
  • Nel 1984 l'edifico ha subito un grave dissesto causato da un'alterazione antropica nel sistema delle falde idriche: L'intervento della Soprintendenza, per i Beni Architettonici e Paesaggistici per il Comune di Roma, concluso nel 1995, è stato finalizzato al consolidamento statico delle volte e al recupero delle funzionalità dell'edificio di culto.
• 2011 ‐ 2013 (restauro e consolidamento intero bene)
  • L'ultimo recente intervento riguarda il restauro del prospetto laterale dell’edifico di culto e del prospetto della casa canonica, entrambi prospicienti il cortile interno; si è compiuta l’opera di bonifica di tutte le superfetazioni tra cui impianti elettrici esterni e altri elementi incongrui; inoltre è stata rimossa la vegetazione infestante sui manti di copertura del complesso, con la successiva ricollocazione delle tegole divelte ed il ripristino dell’impianto di smaltimento delle acque meteoritiche. Nel cortile interno si è provveduto al restauro del camminamento coperto Negli ambienti interni (androne e vano scala) sono state intonacate le superfici e tinteggiate, nell’oratorio sono state consolidate le murature, recuperati gli intonaci e gli stucchi. Infine è stato realizzato un nuovo impianto elettrico.

• presbiterio ‐ aggiunta arredo (1970 (?))
  • L'edificio di culto conserva l'antico spazio presbiteriale, caratterizzato da un pregevole altare in marmo e dalle balaustrate originarie. Nel marzo del 20104 è stato realizzato l'altare rivolto verso l'assemblea (in sostituzione di una mensa provvisoria) che riproduce fedelmente ma in scala minore l'altare maggiore; la struttura dell'altare è in legno con decorazioni a finto marmo ed intarsi, mentre sulla mensa è stata inserita la "pietra sacra". In linea stilistica con l'altare è stata progettata anche la sede, ma non ancora realizzata. Subito fuori la balaustra è stato delimitato uno spazio per la proclamazione della Parola mediante la sistemazione di una pedana in legno su cui è posto un leggio settecentesco che funge da ambone.