E’ assai probabile che nell’800 i monaci dell’Abbazia abbiano accolto Carlo durante una tappa del suo viaggio verso Roma per essere incoronato imperatore: infatti, le abbazie sottoposte alla protezione del sovrano erano a tutti gli effetti nella sua disponibilità e uno dei diritti che egli poteva esercitarvi era quello di ricevere da esse vitto ed alloggio per sé e per il proprio seguito, ipotesi avvalorata anche dal fatto che nell’Abbazia di Nonantola si venerava il corpo di Silvestro, il papa dell’imperatore Costantino, e Carlo si servì della sua figura per presentarsi come alter Costantinus.

Alla concessione di ampi beni e diritti si unirono altri privilegi, non ultimo quello di eleggere autonomamente il proprio abate. L’abate Pietro, succeduto ad Anselmo, fu ambasciatore a Costantinopoli per Carlo Magno. Così il suo successore, Ansfrido, per Ludovico il Pio. Nell’837 il monastero ospitò l’imperatore Lotario, come testimoniato dallo splendido diploma di quell’anno che conserva ancora parte del sigillo imperale in cera, e nell’883 nel monastero ci fu l’incontro tra Carlo il Grosso e papa Marino.

Nel periodo carolingio, le abbazie – ed il caso nonantolano è significativo – diventarono uno strumento prezioso per la politica culturale di Carlo Magno, rivolta ad unire genti diverse - che parlavano lingue diverse e scrivevano con calligrafie differenti, che vivevano in luoghi distanti del suo impero - con gli stessi libri liturgici, gli stessi testi sacri e gli stessi canti religiosi.

Il legame dell’abbazia con Carlo Magno ed i suoi successori è attestato nelle pergamene che ancora oggi sono conservate nell’Archivio Abbaziale.