Il Monastero di Santa Teresa in Pisa ha origine nel secolo XVII. Durante la peste del 1631 i fratelli della Congregazione della Croce fanno pubbliche processioni di penitenza per ordine dell'arcivescovo. Queste sostano in varie parti della città dove vengono fatte delle prediche per esortare il popolo a ritornare a Dio perché un simile flagello abbia termine. Durante queste processioni si convertono delle pubbliche peccatrici, le quali si ritirano a vita di preghiera e di penitenza prendendo alloggio in una casa di proprietà delle suore di Santa Marta. In seguito si trasferiscono in via Calcesana nell'ospizio dei canonici regolari di Sant'Agostino di Nicosia, dove rimangono per un breve periodo. Per interessamento dell'arcivescovo Giuliano de Medici, esse si stabiliscono così presso l'ospedale delle Convalescenti in via Santa Maria, dove entrano ufficialmente il 10 giugno 1632. Qui, ampliando l'ospedale, costruiscono il loro convento con la chiesa dedicata alla Santissima Trinità, benedetta dall'arcivescovo il 4 luglio 1633; nel medesimo tempo vestono l'abito di santa Teresa come monache Carmelitane, disponendo di "soggettarsi in ogni cosa alla obbedienza del ordinario". Il monastero è retto e guidato da una priora, scelta dall'arcivescovo tra le più anziane. Le Carmelitane rimangono a Pisa fino 1783, anno in cui il granduca di Toscana sopprime il monastero utilizzando i suoi beni per l'istituzione dell'Accademia ecclesiastica. Con due lettere del 18 agosto 1785 e 17 gennaio 1786, della Segreteria del Regio Diritto, è comunicata all’Operaio Giuliano Prini la soppressione del monastero e la decisione di assegnare il patrimonio del medesimo a “codesta Accademia ecclesiastica per essere impiegato nell’aumento e riattamento di fabbrica, necessario a renderla capace, anche del Seminario”.