Nel 1962, le nomine a vescovo del cardinale Amleto G. Cicognani (1962-1973) e a reggente di mons. Luigi Liverzani (1962- 1989) segnano l’inizio di un articolato programma di lavori diretti all’abbellimento e all’adeguamento liturgico della cattedrale di Frascati. Le opere del periodo 1962-1964 vennero curate dall’architetto Cesare E. Bernardi e interessarono il ripristino del paramento in pietra sperone (tuscolana), ricoperta allora di intonaco, lungo le modanature dei cornicioni, i pilastri e le lesene.
Contemporaneamente, fu presa in considerazione la possibilità di staccare l’altare maggiore dal fondo della chiesa per avere la possibilità di celebrare verso il popolo; tale progetto, in un primo momento avversato dalla Sovrintendenza ai Monumenti del Lazio, fu in seguito approvato solo grazie alla determinazione del vescovo Cicognani. I successivi lavori dimostrarono che si trattava, in realtà, del ripristino della situazione originaria, poiché la mensa risultava essere stata lavorata a smusso nelle parti angolari per adattarla al dossale in altorilievo del Fiorucci. In seguito, il ritrovamento del progetto del Mascherino, nelle sue varie stesure, confermò che la sistemazione originaria dell’altare era al centro del presbiterio.
Nel giugno del 1964 l’area presbiterale risultava già definita, con l’altare avanzato in posizione prossima all’arco trionfale e la cattedra episcopale lignea posta sul fondo, addossata alla parete. In seguito, la cattedra lignea verrà sostituita con l’attuale seggio marmoreo disegnato sempre da Bernardi e realizzato dal prof. Raul Vistoli.
Sempre negli anni Sessanta, ai piedi dell’arco, vennero realizzati due amboni con parti della rimossa balaustra seicentesca, procedendo anche alla sistemazione del coro ligneo, realizzato nel 1950 su disegno dell’ingegnere Adolfo Zingaretti, il quale contemporaneamente aveva progettato il trono vescovile e i seggi dei canonici. Nel 1972 l’ambone di destra fu sostituito da un fonte battesimale, mentre l’ex battistero divenne cappella del Santissimo Salvatore: al suo interno è custodita la copia di un’icona del XV secolo. Negli anni Novanta il vescovo Giuseppe Matarrese (1990-2009) ha spostato nuovamente il fonte battesimale collocandolo nella cappella di sinistra più prossima all’altare.
Nuove vetrate, realizzate dalla ditta Guarnieri di Roma con vetri provenienti dal Belgio e scelti dal Bernardi, adornavano la cattedrale riaperta al culto nella solennità dei santi Pietro e Paolo (29 giugno 1964); la ditta Giuliani di Roma realizzò invece, in tempi successivi, i due finestroni superiori su cartoni del prof. Virgilio Guzzi. Il 4 dicembre del 1971 fu inaugurato il nuovo organo, in sostituzione di quello distrutto dalla guerra, costruito dalla ditta Continiello di Monteverde (Avellino).
La custodia eucaristica è posta ora nella cappella dell’Addolorata (restaurata nel 2003), utilizzata anche per le celebrazioni feriali; nel 1977 anche l’altare della cappella fu spostato dalla parete in avanti per permettere la celebrazione verso il popolo.
Ancora non esiste un luogo deputato alla celebrazione penitenziale; solo alcuni confessionali sono collocati nella parte mediana delle navate laterali a ridosso dei pilastri.
Nel 2010 l’attuale vescovo Raffaello Martinelli ha fatto realizzare una controporta in plexiglass all’ingresso centrale.