Nel 1985 l’arcivescovo Battisti incaricò la Commissione diocesana per l’Arte Sacra di predisporre un programma d’interventi che, “attraverso una doverosa progressiva sperimentazione”, portasse alla realizzazione di una definitiva riforma del presbiterio della cattedrale.
Nel maggio del 1988 la sperimentazione prese avvio con la realizzazione degli elementi liturgici posti su una pedana in legno che occupava quasi interamente la prima campata della navata centrale. La Commissione Liturgica diocesana espresse però parere negativo sulla realizzazione proponendo che venisse “ costituita una commissione mista di liturgisti, musicisti e artisti al fine di utilizzare una visione interdisciplinare delle nuove proposte di sistemazione dell’area presbiteriale”.
Successivamente, l’allora segretario della Commissione don G. Genero, avanzò una proposta alternativa che prevedeva il prolungamento, nella navata centrale e per cinque metri di profondità dell’area presbiteriale, collocando ambone e cattedra - orientati a 45° verso la navata - a ridosso dei due pilastri del transetto, e mantenendo il solo altare all’interno del presbiterio settecentesco, sebbene in posizione decisamente avanzata.
Nel 1991 la Commissione per l’arte sacra, l’arch. C. Pillinini e lo scultore L. Ceschia misero a punto una ulteriore soluzione che prevedeva un avanzamento più contenuto del presbiterio (di circa 3 metri e mezzo) sul quale si collocavano l’altare (m 2.5x1) e l’ambone, in forma di grande leggio sopraelevato di due gradini. Nel presbiterio preesistente, quasi a ridosso dell’altare maggiore e in asse con la nuova mensa, si posizionava la cattedra vescovile, elevata di tre gradini e caratterizzata da un alto fondale atto a darle maggiore visibilità. Del progetto si realizzarono i modelli in legno dell’ampliamento del presbiterio, previsto in marmo, e degli arredi liturgici, previsti in bronzo e volutamente moderni, disegnati dal Ceschia: la presentazione ufficiale avvenne il 14 aprile dello stesso anno.
All’intervento seguì la decisa bocciatura da parte della Soprintendenza di Trieste e del Ministero per i Beni Culturali che ne chiesero l’immediata rimozione, proponendo due soluzioni alternative: la prima suggeriva l’utilizzo, per i nuovi arredi, di elementi in perspex eventualmente arricchiti da semplici sculture moderne (per ambone e cattedra si individuava una collocazione laterale rispettosa delle preesistenze architettoniche); la seconda proposta, che al criterio della trasparenza sostituiva quello imitativo, prevedeva invece il ridimensionamento dell’ambone da realizzarsi con linee più semplici e non ondulate; l’uso, per l’altare, di una mensa antica sorretta, come l’altar maggiore barocco, da quattro volute in pietra; l’abbassamento della cattedra da realizzarsi in legno per poterla spostare lateralmente al di fuori delle celebrazioni presiedute dall’Arcivescovo.
Nel 1992 gli arredi furono rimossi e sostituiti da nuove realizzazioni di carattere minimale in legno chiaro.
Solo a distanza di qualche anno le posizioni conflittuali trovarono un compromesso: si realizzò in forma permanente l’avanzamento dell’area presbiterale pavimentata in marmi policromi e si ricollocarono i modelli lignei dell’altare e, modificati, della cattedra e dell’ambone. E tutt’ora si utilizzano tali manufatti.
Nella cattedrale le celebrazioni feriali vengono svolte nella cappella del SS. Sacramento.
Nel 2001 è stata realizzata la penitenzieria che occupa un piccolo vano comunicante con le cappelle della navata sinistra. Manca invece un fonte battesimale. A seguito del completamento degli interventi di consolidamento del campanile, è in corso lo studio per la realizzazione del museo del Beato Bertrando unitamente al ripristino della funzione liturgica nel battistero quattrocentesco posto alla base del campanile. Il progetto, a firma dell’arch. L. Miani, prevede la restituzione all’uso proprio dell’aula con la realizzazione di una vasca che possa essere utilizzata sia per il battesimo ad infusione, per i bambini della parrocchia, sia per quello ad immersione, per gli adulti della diocesi.