La Chiesa di Troia, con i paesi di Biccari, Castelluccio, Celle San Vito, Faeto e Orsara di Puglia, ha costituito fino al 1986 una diocesi a se stante. Con il decreto della Congregazione per i vescovi sul «Riordino delle circoscrizioni ecclesiastiche italiane» del 30 settembre 1986, il territorio diocesano, dopo che nel 1979 era stato assegnato alla Chiesa metropolitana di Foggia, è stato unito alla sede vescovile di Lucera. Sorta nel 1019 sulle rovine dell’antica Aecae, centro di considerevole importanza durante l’età romana, la città di Troia fu elevata a sede episcopale da papa Benedetto VIII nel 1022 e Oriano ne fu nominato vescovo. Immediatamente soggetta alla sede apostolica, a Troia i papi tennero diversi concili: nel 1093, nel 1115, nel 1120 e nel 1127. Nel 1067, alla sede troiana fu assegnato il territorio appartenuto alla soppressa diocesi di Biccari. Tra il 1093 e il 1120 fu costruita la cattedrale cittadina. Una realtà importante nel contesto ecclesiale della diocesi troiana fu il capitolo della cattedrale, istituito in età medievale e punto di riferimento di notevole rilevanza per la vita della comunità locale in un periodo di profonde trasformazioni sociali e politiche, capace di intessere importanti rapporti con i componenti la locale università e rappresentante autorevole della Chiesa locale per la tutela e la salvaguardia delle prerogative e dei diritti ecclesiastici. Tale connubio tra Chiesa e società, tra potere ecclesiastico e potere civile, a Troia sfociò nella fondazione della confraternita dell’Annunziata (1475) e della confraternita di san Leonardo (1478), espressamente volute dal vescovo Stefano Gruben (1474- 1480) con l’appoggio della università troiana, che si prefiggevano la realizzazione di opere sociali e caritatevoli a sollievo delle classi meno agiate e dei bambini abbandonati. Fu per questa unicità di intenti che, nel 1829, il vescovo Antonino Monforte (1824-1854) stabilì di accorpare in un’unica associazione le due confraternite esistenti. A Troia, nel 1493, nacque Gerolamo Seripando, generale degli eremitani di sant’Agostino per circa vent’anni (dal 1539) e principale esponente, nella seconda metà del XVI sec., della scuola agostiniana. Fu arcivescovo di Salerno, quindi cardinale tra il 1553 e il 1563 e, per questo, legato pontificio al concilio di Trento, dove si distinse nella discussione e nella stesura dei decreti sul peccato originale e sulla giustificazione. Fu proprio la cultura post-tridentina che a Troia favorì, nei primi decenni del XVII sec., la fondazione dei conventi di san Bernardino da Siena, delle benedettine e dei cappuccini. Dal 1590, inoltre, il locale ospedale della Madonna dell’Arco fu affidato ai religiosi dell’ordine di san Giovanni di Dio, i fatebenefratelli. In età moderna, e in particolar modo durante l’episcopato del vescovo Emilio Giacomo de Cavalieri (1694-1726) – tra i più lunghi della storia della Chiesa locale –, la diocesi registrò un periodo di notevole attività pastorale. Appartengono infatti all’episcopato del vescovo Cavalieri il ritorno in città dei gesuiti e il fervore per una vita religiosa più intensa, l’istituzione del seminario vescovile (1707) e una particolare cura per il clero locale, la costruzione della chiesa di San Benedetto (1724) e gli stimoli per un impegno sempre maggiore dei laici nella società. Quella del Cavalieri fu una azione pastorale attenta nell’attuare una politica culturale capace di coinvolgere, attraverso interventi diretti, ogni fascia sociale della popolazione. Il palazzo vescovile di Troia fu eretto nella seconda metà del XVIII sec., durante l’episcopato del vescovo Marco de Simone (1752-1777). L’importanza e lo sviluppo sociale, politico ed economico che avevano caratterizzato nei secoli la vicina città di Foggia, compresa nel territorio diocesano di Troia ma sempre più protesa a diventare cittàsimbolo della Capitanata anche dal punto di vista ecclesiale, non poche volte fu causa di aspri contrasti fra il clero troiano e quello foggiano, quest’ultimo impegnato nel rivendicare la propria autonomia dalla sede troiana. È infatti del 1204 una lettera di Innocenzo III inviata al vescovo di Termoli e all’abate di San Giovanni in Lamis, con la quale il papa affidava ai destinatari il compito di chiarire la controversia che contrapponeva il vescovo di Troia alla città di Foggia, intenta ad affermare la sua antichità ecclesiale richiamandosi alla discendenza dalla più antica diocesi di Arpi. La questione, successivamente, impegnò altri pontefici come Onorio III (1216- 1227), Gregorio IX (1227-1241) e Clemente IV (1265-1268). La disputa fu risolta nel 1855 quando anche grazie all’impegno profuso dal vescovo Antonino Monforte (1824-1854), dal territorio troiano fu smembrata parte della nuova diocesi di Foggia. Ma anche con la nuova organizzazione ecclesiastica le vicende pastorali delle due sedi episcopali continuarono a intrecciarsi, sia per la vicinanza territoriale, sia per le comuni circostanze che caratterizzarono, nel Novecento, le Chiese di Capitanata, e che nel caso di Troia e Foggia si armonizzarono nella figura del vescovo Fortunato Maria Farina (1919-1951). Nel 1986, la sede troiana è stata unita alla vicina sede episcopale di Lucera.
