La diocesi di Lucera-Troia è stata costituita con decreto della Congregazione per i vescovi del 30 settembre 1986. Dal 12 settembre 1976 fa parte della regione ecclesiastica pugliese, mentre dal 30 aprile 1979 è suffraganea dell’arcidiocesi di Foggia- Bovino. Per la storia della chiesa lucerina, due lettere di papa Gelasio I attestano l’esistenza della sede episcopale («Lucerinus episcopus»: 493-495) fin dalla fine del V . Inoltre è storicamente accertato che il vescovo Anastasio, ordinato da papa Pelagio I, guidò la diocesi tra il 558 e il 560. Il vescovo Marco partecipò al concilio romano del 743. Alcuni documenti della seconda metà dell’XI . evidenziano, per quel periodo, l’appartenenza della chiesa di Lesina alla sede vescovile di Lucera. Questa, dal 969, fu suffraganea della diocesi di Benevento. Inoltre, nei primi decenni del XV sec., alla diocesi di Lucera furono accorpate le sedi soppresse di Fiorentino (1410 circa) e di Tertiveri (1425) e tra il 1439 e il 1473 l’antica sede vescovile di Civitate. La storia della diocesi lucerina è stata caratterizzata dalla presenza degli ordini religiosi – celestini, conventuali e domenicani (prima metà del XIV sec.), osservanti (1407), riformati (XV sec.), agostiniani (1583), carmelitani (1594), cappuccini (seconda metà del XVI sec.) – che condizionarono non poco lo sviluppo sociale e cultuale della popolazione locale, almeno fino ai primi anni del XIX . quando, con la promulgazione delle leggi di soppressione degli ordini religiosi, gli stessi abbandonarono la diocesi. L’unico convento che a Lucera sopravvisse alle vicende che colpirono la realtà religiosa del Mezzogiorno d’Italia fu quello della Madonna della Pietà degli osservanti. Con la riorganizzazione ecclesiastica stabilita dal concordato firmato nel 1818 da Pio VII e Ferdinando I, il territorio diocesano di Lucera assorbì la diocesi di Volturara- Montecorvino. Il primo sinodo fu celebrato nel 1875. Un nuovo sinodo si tenne nel 1935 quando, con l’entrata in vigore del Codice di diritto canonico (1917) e la firma del concordato del 1929, la Chiesa locale avvertì l’esigenza di adeguare la propria realtà diocesana al nuovo contesto storico. Un altro elemento di notevole interesse che riguarda la Chiesa lucerina concerne il ruolo dei laici. La pubblicazione de «Il Foglietto », il giornale edito a Lucera dal 1897 e diretto da Gaetano Pitta, rappresenta l’espressione più evidente della notevole attività svolta in diocesi dall’associazionismo cattolico, una realtà che trovò la sua massima espressione con la fondazione, nei primi anni del Novecento, del circolo giovanile operaio «Nunzio Sulprizio», del circolo giovanile degli studenti «Fides et Studium», e del gruppo «Toniolo» della Fuci. La storia della diocesi è stata inoltre caratterizzata dalla figura del beato Agostino Kaz?otic´, domenicano, trasferito da Zagabria alla sede vescovile di Lucera nel 1322; dalla santità di Francesco Antonio Fasani (1681-1742), frate minore conventuale, canonizzato da Giovanni Paolo II il 13 aprile 1986, le cui reliquie sono conservate nella chiesa di San Francesco a Lucera; e dalla figura del servo di Dio Alessandro de Troja (1801-1834), sacerdote diocesano, per il quale è in corso la causa di beatificazione. Oltre a Lucera e a Troia, il territorio diocesano comprende i comuni di Alberona, Biccari, Carlantino, Casalnuovo Monterotaro, Casalvecchio di Puglia, Castelluccio Valmaggiore, Castelnuovo della Daunia, Celenza Valfortore, Celle San Vito, Faeto, Motta Montecorvino, Orsara di Puglia, Pietramontecorvino, Roseto Valfortore, San Marco la Catola, Volturara Appula e Volturino.
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