La chiesa di San Nicone sorge nella parte superiore dell’abitato consolidato di Besozzo. Vi si accede tramite una lunga salita accompagnata da cappelle di una Via Crucis affrescate in origine dai fratelli Baroffio di Varese, quindi ridipinte da Angelo Stocchetti nel 1848 e oggi recanti più modesti bassorilievi di recente fattura. La chiesa è, di fatto, priva di facciata. L'ingresso si apre sul fianco ed è incorniciato da una vivace "quadratura", pure opera dei fratelli Baroffio, commissionata nel 1729 dalla confraternita istituita nella chiesa da Carlo Borromeo alla fine del XVI sec. e dedicata alla singolare figura del beato Nicone. Nicone fu un eremita vissuto nello stretto giro dei borghi attorno a Besozzo. Morì nel 1180 e il luogo di sepoltura fu presto omaggiato dalla costruzione di una cappella, nucleo dell’attuale edificio sacro. La figura del venerabile, beato e santo per consolidata tradizione popolare, pur in assenza di adeguato processo di canonizzazione, fu accompagnata da sentita devozione per la protezione invocata contro carestie, pestilenze, disgrazie naturali e guerre, tanto che, ancora durante le campagne di liberazione del XIX sec. e sino alla Guerra di Libia (1911), i fedeli di Besozzo attribuirono alla sua protezione l’incolumità dei propri combattenti. L’interno dell’oratorio colpisce per la veste decorativa che ricopre volte e pareti, con una continuità stilistica dovuta alle ricche incorniciature, opera, ancora una volta, di Carlo Antonio e Giuseppe Baroffio. Più complessa l’attribuzione delle scene affrescate entro i cartigli, dovute alla mano di una bottega ancora anonima. Giuseppe Pacciarotti ne ha dapprima stabilito un parallelo con le scene affrescate sulle volte dell’abbazia di S. Donato a Sesto Calende, quindi ha attribuito ipoteticamente l’intervento alla mano di Antonio Magatti, magari ampiamente aiutato da collaboratori di non eguale capacità. Più modesti sono gli interventi di completamento decorativo dovuti a Angelo Stocchetti che pure, con il raffinato Ecce Homo in controfacciata, ha dato prova di una forte continuità nella tradizione decorativa varesina. La chiesa è dotata di due cappelle laterali innestate prima del presbiterio (Madonna del Carmelo e Sant’Antonio di Padova). Sull’altare maggiore, lavoro settecentesco di marmi policromi, certamente coevo alle riforme pittoriche e da riferire a una bottega anonima viggiutese, si conserva l’urna (l’attuale è novecentesca) con le spoglie del beato Nicone.

• Struttura
  • Murature d'ambito a sezione normalizzata formate da inerti (pietra e spacco e laterizi) legati da giunti di malta. Tutte le murature della chiesa, all'esterno e all'interno, sono intonacate.
• Impianto strutturale
  • Edificio innalzato con murature continue a sezione normalizzata senza il ricorso a elementi puntuali isolati. La navata unica è suddivisa in quattro campate ed è coperta da volte a vela piuttosto ribassate. Le cappelle laterali sono coperte con volta a botte.

• XII ‐ XII (costruzione intero bene)
  • Le origini dell'oratorio sono legate alla figura del beato Nicone, un eremita assai venerato già in vita e proclamato "santo" per consolidata tradizione, morto a Besozzo nel 1180 circa (sull'individuazione del luogo di nascita, condiviso da Besozzo, Comerio e Barasso, si esercitò persino il card. Schuster). Tanta fu la fama, che il primo repertorio di altari e chiese della diocesi di Milano (noto come 'Liber Notitiae Sanctorum Mediolani'), degli esordi del XIV sec., riportò una lunga ‘Memoria’ agiografica dell’anacoreta, alla cui figura si interessarono in seguito il card. Carlo Bascapè di Novara nel XVI sec. e Giorgio Giulini e Vincenzo De Vit nel XIX sec. Il sito della sepoltura fu presto trasformato in una cappella per ospitarne, come tutt'ora perdura, le spoglie.
• 1567 ‐ XVI (ricostruzione altare)
  • Dimensioni e ritualità della chiesa originaria sono noti attraverso gli atti delle visite pastorali tardo cinquecentesche: 10 braccia di larghezza; 20 braccia di lunghezza; un solo altare; nessuna cappellania collegata al luogo santo; affreschi nell’abside raffiguranti il santo titolare, una Pietà con Madonna e Giovanni Evangelista, e S. Alessandro (titolo della canonica di Besozzo; visita Federico Borromeo, 1596). Nel 1567 l'oratorio fu ispezionato una prima volta da Carlo Borromeo. Il presule impose la ricognizione canonica dei resti del venerato Nicone, sepolti sotto il pavimento e riuniti entro un sarcofago di pietra. Ordinò quindi che fossero ricomposti in una cassa collocata all’altare, così da essere esposti, seppure dietro una grata, alla venerazione dei fedeli. Nel frattempo, istituì una Confraternita di S. Nicone, già composta di 16 membri nel 1589.
• 1643 ‐ 1650 (costruzione cappella laterale)
  • Nel 1643, con bolla pontifica del 28 ottobre, fu autorizzata la costruzione di una cappella dedicata alla Beatissima Vergine Maria del Monte Carmelo, il cui cantiere era ancora in corso nel 1647 e alla cui dotazione aveva provveduto un legato di Alessandro Castelbesozzi del medesimo 1643. Nel 1650 l'ambiente era finalmente terminato e Camilla Clavena, moglie di Alessandro, istituiva il giuspatronato privato, incrementando donazioni e rendite.
• 1650 ‐ 1683 (costruzione cappella laterale)
  • La fronteggiante cappella di Sant'Antonio di Padova è meno documentata. La prima menzione dell'ambiente è contenuta negli atti della visita pastorale del card. Federico Visconti, nel 1683; il corpo di fabbrica non doveva essere stato costruito da molto tempo, perché il prelato ne ordinò un rifacimento per rendere il luogo adeguato alle celebrazioni. Con la costruzione di questa cappella, la chiesa, che nel frattempo doveva essere stata ingrandita (37 cubiti di lunghezza, 14 di larghezza), aveva assunto l'articolazione di base mantenuta sino ai tempi odierni ed era pronta per la prima solenne traslazione del venerato corpo del beato, riposto sull’altare, per concessione del medesimo arcivescovo, il 29 aprile 1685 in un'arca di legno riccamente lavorata e munita di cristalli.
• 1729 ‐ 1740 (decorazione e cicli affrescati interno)
  • Agli albori del XVIII sec. la chiesa divenne oggetto di lasciti e legati in numero crescente e di continue opere di abbellimento. Nel 1729 la confraternita di S. Nicone ingaggiò i fratelli Giuseppe e Carlo Baroffio di Varese di decorare l'interno del tempio e di dipingere, attorno al portale esterno, una ricca cornice affrescata. L'impronta dei "quadraturisti" è ancora evidente sulla volta del tempio e sulle pareti laterali. Rimane ignoto (e dibattuto dagli studiosi) il nome del pittore incaricato di raffigurare le scene sacre, con episodi della vita del beato (attorno al 1736). Nel frattempo, venivano restaurate e dipinte sia la cappella della Madonna del Carmine (1740), sia quella di S. Antonio. A quest'ultima avevano provveduto nel 1734 i marchesi Odescalchi, subentrati nella titolarità ai Castelbesozzi.
• 1835 ‐ 1848 (decorazione interno)
  • Nel 1830 fu organizzata la seconda traslazione del corpo di Nicone. Fu l’occasione per l’avvio di una lunga campagna di interventi interni alla chiesa. Nel 1835 la fam. Borroni fece dipingere la cappella di S. Antonio di Padova, ricevuta per donazione da Giorgio Raimondi (già patronato Besozzi/Odescalchi). Nel 1837 fu la volta della cappella del Carmine, patroni Pietro e Taddeo Besozzi che ottennero, al termine dei lavori (1839), di ripristinare l’iscrizione e gli stemmi di famiglia che erano stati cancellati nel 1796. La regia delle nuove opere fu affidata al pittore Angelo Stocchetti, autore di interventi in diverse chiese del Varesotto, nella stessa prepositurale di Besozzo e a Milano (famedio del Cimitero Monumentale, casa Bagatti Valsecchi e palazzo Trivulzio). Stocchetti limitò il suo intervento alla volta della cupola e nella parete sinistra. Nel 1848, infatti, interruppe ogni commessa in corso nel 1848 per unirsi all’impresa di Giuseppe Garibaldi a Luino.