La chiesa sorge a oriente del borgo medievale, a lato delle schiere di case che compongono il nucleo più antico del centro storico, allineate lungo l'asse stradale centrale e il corso del torrente Impero. La facciata attuale è orientata verso la nuova “strada Nazionale”, che ha spostato la percorrenza principale all'esterno del centro storico, aggirandolo a settentrione. L’antica chiesa, nella prima metà del Seicento, si presentava a tre navate, orientata a levante, con otto cappelle minori e una copertura a volta piuttosto bassa, rischiarata da monofore a sesto acuto, come appare dalla descrizione del “Sacro e Vago Giardinello”. Di questa fase rimangono rocchi di colonne, basi e capitelli conservati sul sagrato circostante la chiesa e sulla scala laterale di accesso alla piazzetta. Anche il pronao laterale è stato costruito riutilizzando alcune colonne di pietra nera del vecchio edificio. Il massiccio edificio è composto da un'aula unica, con un ampio presbiterio semicircolare. Lo spazio è scandito da sei cappelle laterali, tre per lato, dalle lesene scanalate con capitello composito e dalle nicchie semicircolari per le statue dei santi; elemento unificatore è il cornicione aggettante, che risvolta anche nel presbiterio.

• Pianta
  • L’ aula centrale è quadrangolare, inserita nella pianta a croce greca, ed ha la volta a vela; il presbiterio ha un profilo semicircolare. Il massiccio perimetro esterno è reso piuttosto irregolare dalla sporgenza di elementi come il pronao laterale, la sacrestia a destra e il campanile a sinistra.
• Elementi decorativi
  • La chiesa è caratterizzata da un'esuberante decorazione di gusto neobarocco, dovuta in larga parte a pittori piemontesi particolarmente specializzati nelle decorazioni parietali ecclesiastiche. Il nucleo più antico degli interventi è quello delle cappelle della Madonna e del Sacro Cuore, dipinte tra 1897 e 1899 da Giovanni Borgna. Francesco Audissino, invece, curò i motivi ornamentali sulle pareti. Gli stucchi della cappella del sacro Cuore sono opera (1888) di Domenico Bagliani. La restante parte pittorica, di ispirazione simbolista, è opera di Giuseppe Guglielmetti, con stucchi di Angelo Lamboglia (1903 - 1905). Giuseppe Ercole Guglielmetti ha curato anche alcune delle tele alle pareti. Altri quadri, come la Madonna del Carmine con santi all'altare dell'Angelo custode, sono opera di Giovanni Borgna. L'organo Inzoli del 1937 a trasmissione pneumatica è collocato in cantoria sopra l'ingresso principale, ed è racchiuso in una cassa lignea posta in un vano appositamente ricavato nel muro. Tra i sei altari laterali spicca quello realizzato nel 1825 nella cappella di S. Francesco Saverio, rielaborazione ottocentesca di elementi del XVIII secolo: è in marmo bianco di Carrara, con intarsi policromi in marmi mischi rosati e verdi. L'altare maggiore del 1757, proveniente dal monastero di S. Andrea delle Clarisse di Alassio: viene acquistato nel 1924 ed è stato avvicinato alle produzioni di Francesco Maria Schiaffino. Tra le opere pittoriche contenute, spicca un trittico di Luca Baudo da Novara del 1503 raffigurante San Bartolomeo, San Giovanni e Santa Caterina. La tela settecentesca, ma restaurata dal Borgna, delle Anime del Purgatorio è stata attribuita all'ambito della bottega dei Carrega di Porto Maurizio. In chiesa sono conservate diverse sculture lignee: la Santa Margherita di G.B. Drago (1846), il San Pietro Martire di P. Olivari (1843), il crocifisso dell'altare maggiore di G. Manzo (1898), una Madonna del Rosario del XVIII secolo.
• Facciata
  • La facciata, risvoltata leggermente anche sui lati, è scandita da dodici lesene con capitello composito, sei nella zona inferiore e sei nel frontone, separate da un robusto cornicione aggettante. Nella parte inferiore, al centro, si apre il portale, decorato da un timpano curvilineo a volute, con al centro l'iscrizione “Una Margharita pretiosa”. Nella parte alta la facciata è dominata da un mosaico policromo raffigurante il martirio di Santa Margherita, mentre nelle specchiature laterali si aprono due nicchie che avrebbero dovuto ospitare statue di santi. La facciata termina con un frontone curvilineo con un motivo centrale a volute, sostenuto da due lesene, anch'esse a voluta.
• Campanile
  • Il campanile, un poco arretrato rispetto alla facciata, sul lato sinistro, presenta il livello della cella campanaria decorato da lesene sormontate da capitelli compositi. Alla sommità la struttura è chiusa dal cupolino emisferico che sostituì la precedente cuspide piramidale, danneggiata dal terremoto del 1887.
• Pavimenti e pavimentazioni
  • Il pavimento è in lastre di marmo bianco e nero
• Coperture
  • I tetti a capanna hanno i manti delle coperture in tegole marsigliesi e abbadini di ardesia. La cupola del campanile è rivestita in rame.

• XI sec ‐ XII sec (costruzione intero bene)
  • All fine del secolo XI o inizio XII secolo risale la Costruzione di un primo edificio protoromanico a una sola navata: vi si tenevano le riunioni del Parlamento del Comune già nel 1199
• XV sec ‐ XV sec (aggiornamento intero bene)
  • Trasformazioni e ampliamenti dell'edificio, secondo gli schemi costruttivi tipici delle maestranze medievali: la chiesa si presenta con tre navate e coro rivolto a levante.
• 1571 ‐ 1571 (separazione intero bene)
  • Separazione dalla parrocchia di Bestagno
• 1585 ‐ 1586 (citazione intero bene)
  • Nella visita apostolica Mascardi la parrocchiale di Santa Margherita viene descritta a tre navate con cinque altari, compreso il maggiore. Viene ordinata la demolizione di uno dei cinque
• 1624 ‐ 1653 (citazione intero bene)
  • Nel “Sacro e vago Giardinello” la chiesa viene descritta priva di “consecratione” e con cimitero contiguo, con tre navate e coro a levante. All’interno l’edificio risulta suddiviso in otto cappelle laterali, con tre absidi per complessivi undici altari
• 1642 ‐ 1642 (ampliamento coro)
  • Compagnia del Corpus Domini e “Communità” del luogo finanziano l'ampliamento del coro della chiesa a “longhezza palmi 12. e di larghezza palmi tre di accrescimento”, come registra il Paneri.
• 1760 ‐ 1760 (sopraelevazione campanile)
  • Sopraelevazione di un livello del campanile
• 1863 ‐ 1863 (ricostruzione intero bene)
  • La fabbriceria delibera la ricostruzione dell'edificio, a causa dei danni provocati dalle truppe napoleoniche e dal nuovo contesto urbanistico creato dalla tracciatura della “strada nazionale”.
• 1870 ‐ 1880 (ricostruzione intero bene)
  • Cantiere della ricostruzione: il progetto di Gio. Batta Gandolfo prevede anche l'aggiunta del pronao. Il 6 ottobre 1880 il Vescovo Filippo Allegro consacra la chiesa.
• 1883 ‐ 1883 (ristrutturazione campanile)
  • Ristrutturazione del campanile ad opera di Gio. Batta Gandolfo jr.
• 1887 ‐ 1887 (restauro campanile)
  • Ricostruzione del cupolino emisferico del campanile al posto della cuspide piramidale distrutta dal terremoto
• 1888 ‐ 1913 (decorazione interni)
  • Viene attuato un amplissimo programma di interventi decorativi sull'interno dell'edificio
• 1924 ‐ 1924 (installazione altare maggiore)
  • Installazione nuovo altar maggiore
• 1937 ‐ 1937 (realizzazione organo)
  • Realizzazione dell'organo
• 1957 ‐ 1960 (ricostruzione facciata)
  • Ricostruzione della facciata, su progetto di Luigi Rossi, con lavori di stuccatura ad opera di Antonio e Giacomo Ventimiglia e lavori in muratura eseguiti dalla ditta Agostino Ramella. Il mosaico sopra il cornicione (trionfo di Santa Margherita) è stato eseguito dalla scuola del mosaico di Spilimbergo, su bozzetto del pittore Bepi Modolo di Santa Lucia del Piave. La statua marmorea di Santa Margherita della nicchia del portale maggiore viene ricollocata sotto il portico laterale.
• 2008 ‐ 2008 (restauro copertura e facciata)
  • Restauro conservativo che comporta posa in opera del manto di copertura in tegole marsigliesi di recupero, manutenzione straordinaria della facciata con stuccatura, esecuzione di intonaco e tinteggiatura