La chiesa, molto semplice nella forma, è ad unica navata a pianta rettangolare a cui si aggiunge l’abside di forma quadrangolare, separato dalla navata con un arco ogivale. Un edificio in cui si riscontrano caratteri stilistici e strutturali propri dell’ordine francescano e delle modalità costruttive locali.
Nell’abside vi sono dei peducci d’angolo che lasciano intendere alla preesistenza di una copertura voltata.
Nel paramento murario interno sono presenti degli affreschi databili dal XIV al XV secolo circa.
Esternamente invece l’edificio è in pietra arenaria faccia a vista, il paramento murario è a filari regolari di pietre grossolanamente squadrate. Nella facciata principale a capanna, rivolta a sud-ovest, risalta la presenza del portale archiacuto di ingresso contornato da una ghiera modanata in pietra calcarea. I prospetti a nord-ovest e sud-est, e l’abside a nord-est, si caratterizzano per la presenza di semplici monofore a sviluppo verticale.
L’abside si imposta sopra il vano della cripta voltato a botte ribassata.

• Coperture
  • La copertura della navata è realizzata con capriate lignee, travi e travettti in legno e soprastanti pianelle in laterizio. La copertura dell’abside, sempre a capanna, è realizzata con travi e travetti in legno e soprastanti pianelle in laterizio.
• Struttura
  • Le pareti verticali sono in muratura continua di pietra.

• XI ‐ XVI (costruzione carattere generale)
  • Incerta è la data di costruzione della chiesa che per la caratteristiche architettoniche andrebbe a comprendere un arco temporale che va dal XI al XIV sec. La leggenda racconta che ai tempi dei Longobardi c’era nelle vicinanze un tempio pagano dove si adorava un testa di caprone; ma il luogo è più noto per i suoi ricordi francescani. Quando il serafico si convertì, abbandonò il padre e le ricchezze, si avviò verso Gubbio dove aveva un grande amico. La tradizione racconta che alcuni briganti, nei pressi di Caprignone, gettarono il santo in una fossa piena di neve. In ricordo dell’umiliazione subita, Francesco amò il luogo, vi tornò più volte e vi fece costruire un convento. Si dice che S. Francesco vi abbia tenuto il primo raduno di trecento frati. La prima notizia storica, desunta da documenti di archivio, è del 1291; anno in cui la chiesa risulta edificata. Il Convento di Caprignone e la sua chiesa rimasero per oltre quattro secoli un centro di vita spirituale francescana.
• XVII ‐ XX (passaggio di proprietà carattere generale)
  • Nel 1653 il convento di Caprignone fu soppresso da Papa Innocenzo X, insieme con altri piccoli conventi dell’Umbria. I beni passarono al Seminario eugubino che li vendette nel 1675 al Cardinale Gaspare Carpegna. Nel 1830 passò la proprietà al Marchese Luigi del Gallo che la vendette, a sua volta, intorno agli inizi del ‘900.
• XX ‐ XXI (ristrutturazione carattere generale)
  • Alla fine del ‘900 la chiesa è stata parzialmente restaurata ma del convento non resta quasi nulla. Nel 2000 dopo il ripristino del Sentiero Francescano della Pace, è ritornato un luogo al centro dell’attenzione pubblica. I fedeli vi si recano annualmente il 15 agosto in occasione della festività di S.Maria Assunta. La chiesa per i suoi ricordi storici e per i suoi pregi artistici nel 1926 fu dichiarata monumento nazionale.

• presbiterio ‐ aggiunta arredo (1990-2000)
  • Altare in pietra e ambone in legno.