esternamente l'edificio è caratterizzato da tre cilindri sovrapposti che si restringono dal basso verso l’alto, costruiti con pietre squadrate, disposte a corsi regolari, di provenienza locale: calcare bianco-rosato, ceppo del Brembo ed arenaria grigio- verde. Il corpo principale, il primo cilindro, è ornato da esili semicolonne, disposte a distanza irregolare, che terminano con capitelli lavorati e raccordati tra loro da archetti pensili. Il secondo cilindro è scandito da lesene a sezione rettangolare disposte ad intervalli regolari ed archetti pensili. Il terzo è costituito da una lanterna con quattro bifore. Il manto di copertura è costituito da lastre di ardesia. Il portale d'ingresso è strombato ad arco, con colonnine e bassorilievi che raffigurano piccoli uomini. Altre due porte si trovano sul lato sud: una, attualmente murata, metteva in comunicazione il monastero con il presbiterio e ha come architrave un blocco di arenaria decorato con archetti a doppio intreccio; l’altra, terminante ad arco con una leggera strombatura, ospita nella lunetta superiore un bassorilievo con rappresentato S. Tommaso apostolo, patrono della chiesa. L'interno è una pianta circolare caratterizzata da vano centrale, delimitato da otto colonne monolitiche e da ambulacro a corona circolare, coperto da volte a crociera poggianti sulle colonne centrali e sulle semicolonne addossate alla parete perimetrale. Sette nicchie ad arco, che probabilmente erano destinate ad accogliere delle statue, si inseriscono nel perimetro della chiesa a distanze irregolari. A sinistra dell’ingresso un affresco ancora leggibile rappresenta la Madonna in trono col Bambino. Due scale con accessi contrapposti, ricavate nello spessore del muro perimetrale, permettono l'accesso al matroneo che presenta anch'esso otto colonne e semicolonne, che creano un deambulatorio circolare chiuso da un largo parapetto in pietra, che sorregge le colonne, e si affaccia sul vano centrale del corpo inferiore. Ad est il matroneo presenta una grande nicchia ad arco ricavata nel muro nel cui catino compaiono tracce di un affresco trecentesco che raffigura l'Annunciazione. Sopra gli archi del matroneo s’innalza la cupola, che presenta, inseriti nella muratura, archi ribassati che servono anche a dare stabilità alla parte alta dell’edificio. Il presbiterio a pianta rettangolare e l'abside semicircolare sono costruiti con i medesimi materiali e tecniche della chiesa, ma con un apparato decorativo più ricco: archetti pensili intrecciati, mensole e fregi in cotto. La decorazione della rotonda é prevalentemente scultorea. I capitelli delle colonne, di diverse tipologie, sono splendidamente scolpiti, così come quelli che concludono le mezze colonne e le lesene disposte alle pareti: alcuni presentano decorazioni ad intreccio o motivi geometrici; altri corinzi ed altri ancora figurati, ad esempio con aquile o sirene a doppia coda, simboli dell’immortalità o del peccato. I capitelli delle colonne poste al matroneo, risalenti al XII secolo, sono diversi uno dall'altro e variamente scolpiti, con una più ricercata fattura stilistica: due rappresentano i simboli dei quattro evangelisti, altri sono decorati con foglie d’acanto, palmette o teste d’ariete; il più elaborato illustra, in quattro episodi, la storia biblica di Sara e Tobia.

• Impianto strutturale
  • edificio a muratura continua
• Coperture
  • copertura a falde con manto in lastre di ardesia
• Pianta
  • chiesa a pianta circolare, con presbiterio a pianta rettangolare ed abside semicircolare
• Elementi decorativi
  • i tre cilindri della struttura sono costruiti con pietre squadrate a vista, disposte a corsi regolari, di provenienza locale: calcare bianco-rosato, ceppo del Brembo ed arenaria grigio- verde
• Elementi decorativi
  • esili semicolonne, disposte a distanza irregolare, che terminano con capitelli lavorati e raccordati tra loro da archetti pensili ornano il corpo principale
• Elementi decorativi
  • il secondo cilindro, scandito da lesene a sezione rettangolare disposte ad intervalli regolari ed archetti pensili, è sormontato da una lanterna con quattro finestre bifore contrapposte
• Elementi decorativi
  • la facciata presenta un portale strombato ad arco, con colonnine e bassorilievi che raffigurano piccoli uomini
• Elementi decorativi
  • la porta posta sul lato sud, attualmente murata, che metteva in comunicazione il monastero con il presbiterio, ha come architrave un blocco di arenaria decorato con archetti a doppio intreccio
• Elementi decorativi
  • una seconda porta, posta a sud, termina ad arco con una leggera strombatura, ed ospita nella lunetta superiore un bassorilievo con rappresentato S. Tommaso apostolo, patrono della chiesa
• Elementi decorativi
  • otto colonne monolitiche ed un ambulacro a corona circolare coperto da volte a crociera, poggianti sulle colonne centrali e sulle semicolonne addossate alla parete perimetrale, delimitano lo spazio centrale
• Elementi decorativi
  • sette nicchie ad arco, che probabilmente erano destinate ad accogliere delle statue, si inseriscono nel perimetro della chiesa a distanze irregolari
• Elementi decorativi
  • a sinistra dell’ingresso si trova un affresco, ancora leggibile, rappresentante una Madonna in trono col Bambino
• Elementi decorativi
  • il matroneo ricalca la struttura del piano inferiore: presenta anch'esso otto colonne e semicolonne, ma più minute e snelle, che creano un deambulatorio circolare chiuso da un largo parapetto in pietra, che sorregge le colonne, e si affaccia sul vano centrale del corpo inferiore
• Elementi decorativi
  • nel catino della grande nicchia ad arco ricavata nel muro, posta ad est del matroneo, compaiono tracce di un affresco trecentesco che raffigura l'Annunciazione
• Elementi decorativi
  • la cupola presenta, inseriti nella muratura, insoliti archi ribassati, che servono anche a dare stabilità alla parte alta dell’edificio
• Elementi decorativi
  • il presbiterio e l'abside presentano un apparato decorativo molto ricco: archetti pensili intrecciati, mensole e fregi in cotto
• Elementi decorativi
  • le decorazioni interne sono prevalentemente scultoree. I capitelli delle colonne, di splendida fattura, così come quelli che concludono le mezze colonne e le lesene disposte alle pareti presentano decorazioni ad intreccio o motivi geometrici, tipici del preesistente edificio; altri corinzi ed altri ancora figurati, ad esempio con aquile o sirene a doppia coda, simboli dell’immortalità o del peccato
• Elementi decorativi
  • i capitelli delle colonne del matroneo, risalenti al XII secolo, sono diversi uno dall'altro e variamente scolpiti, con una più ricercata fattura stilistica: due rappresentano i simboli dei quattro evangelisti, altri sono decorati con foglie d’acanto, palmette o teste d’ariete; il più elaborato illustra, in quattro episodi, la storia biblica di Sara e Tobia

• V ‐ IX (preesistenze intero bene)
  • con il diffondersi del cristianesimo in Almenno, nel V- VI secolo, venne edificata un’edicola religiosa nell’area di S. Tomè. Più tardi, intorno al IX secolo, sembra sia stata costruita la prima chiesa di S. Tomè, con pianta circolare. La notizia è confermata da alcuni documenti e dalla presenza di tombe dello stesso periodo
• 975 (parrocchialità carattere generale)
  • la corte feudale di Almenno fu donata dai conti di Lecco al Vescovo di Bergamo e, con essa, pure la primitiva chiesa, che però venne abbandonata e ridotta ad un rudere
• 1150 (parrocchialità carattere generale)
  • il Vescovo Gerardo decise la ricostruzione dell'edificio sulle fondamenta della rotonda precedente e con il riutilizzo di vari elementi architettonici
• 1180 (completamento intero bene)
  • vennero portati a termine il presbiterio e l’abside, i tempi di costruzione furono piuttosto lunghi. In questo stesso periodo venne costruito, nell'area a sud attigua alla chiesa, un monastero femminile totalmente soggetto all’autorità del vescovo
• 1407 (parrocchialità carattere generale)
  • il monastero entrò in crisi. Venne soppresso e i suoi beni incamerati dal vescovo, la chiesa ebbe una destinazione agricola e l’ex monastero divenne la casa del “massaro”
• 1536 (parrocchialità carattere generale)
  • la chiesa e tutti i beni ad essa pertinenti vennro venduti alla parrocchia di Almenno S. Salvatore, dopo essere stata affidata alla custodia di vari eremiti. Per oltre quattro secoli il convento di S. Tomè è rimasto ai margini della vita religiosa locale e conteso tra le due parrocchie di Almenno S. Salvatore e S. Bartolomeo
• XIX (restauro intero bene)
  • i restauri più consistenti vennero effettuati verso la fine dell’Ottocento a cura dell’Ing. Elia Fornoni
• 1906 (parrocchialità carattere generale)
  • la chiesa ed il convento vennero affidati definitivamente alla parrocchia di Almenno S. Bartolomeo
• 1932 (manutenzione intero bene)
  • vennero eseguite alcune opere di manutenzione
• 1943 (restauro intero bene)
  • vennero eseguite opere di restauro