L'organismo edilizio del Seminario in rapporto alla città storica, ha valore di emergenza urbanistica e architettonica per entità fisica e qualità formale. Lo schema distributivo è espresso organicamente da una specifica soluzione strutturale sistematicamente ripetuta per tutta l'estensione del complesso la cui volumetria domina un intero settore urbano. Come altre grandi opere del periodo ducale poste in prossimità di una importante porta di accesso alla capitale, con la cura del suo assetto formale, esprime anche intenzioni rappresentative volte a conseguire un effetto di prestigio da cogliere nel momento del primo contatto con la città. La facciata è scandita dagli androni archivoltati composti con un gruppo di finestrelle e piccole porte che fanno corpo con la zoccolatura a bugnato, conclusa superiormente dal marcapiano. Il rigore neoclassico di Gusmano Soli architetto di corte incaricato del progetto, si estende alla configurazione della soprastante levigata superficie a due ordini di finestre, rifinita dal cornicione a modiglioni. Sopra la prima falda del tetto, l'agile sequenza delle lunette, delimitata dalla cornice a profilo tondo, conclude il fronte con effetto di accentuata accelerazione prospettica orizzontale'. Il risvolto sul sagrato della chiesa, dà spessore al grande specchio della facciata e le conferisce quella solidità plastica, che consente all'edificio di caratterizzare fortemente l'ultimo tratto di Canalchiaro.
L'affaccio sulla via e sul sagrato, volto urbano esibito dal complesso organismo architettonico, lascia solo intuire la sua interna vastità, percepibile concretamente passando dalla via al Chiostro attraverso il primo degli androni voltati. La trasformazione del Monastero di S. Francesco in Seminario, promossa per volontà Ducale per far fronte alle crescenti esigenze di spazio e di decoro dell'Istituto nel secondo decennio del secolo scorso, pur con la rilevante entità delle modificazioni rispetto all'assetto precedente, non ha cancellato completamente l'impianto originario. I due grandi corpi paralleli, uno dei quali affacciato su Canalchiaro, collegati da un elemento ad essi perpendicolare, ripropongono per tutta l'estensione del complesso l'antico e usuale schema conventuale a tre sezioni; corridoio centrale e stanze su ambo i lati. Il progetto del Soli ha esteso il riassetto dell'organismo a adiacenze edilizie eterogenee spingendosi sino contro il terraglio delle mura. Tutto ha incorporato e adattato secondo le specifiche esigenze distributive generali, curando di far emergere, come peraltro nell'antico convento, la sezione centrale a corridoio, oggetto di particolare cura formale nella copertura a volte, illuminate lateralmente dalle lunette. Il complesso edilizio si articola in tre corpi principali, o due d dei quali paralleli a corso Canalchiaro, collegati ortogonalmente dal terzo. La disposizione devi corpi di fabbrica rispetto alla chiesa di S. Francesco e all'area edificabile consentita sul lato sud dai limiti geometrici dell'antica città murata, determina lo spazio quadrato del Chiostro a nord e quello trapezio del cortile meridionale; i cortili di levante e di mezzogiorno sono luoghi ampi e sostanzialmente di risulta fra edifici di antico sedime e linea delle mura urbane. A piano terreno il corpo disposto su Canalchiaro ospita da sempre destinazioni estranee all'ufficio di seminario; il segmento centrale comprende la sequenza monumentale degli spazi voltati a specifica funzione comunitaria mentre nel volume più interno, anch'esso parallelo al Corso, sono ubicati la Cappella, lo scalone e la cucina. Al piano ammezzato, sul lato di Canalchiaro, uffici e servizi vari, mentre al primo piano sono ubicate le camere e le camerate degli studenti, aule di studio e ambienti per la ricreazione. Il secondo piano infine è caratterizzato da tre grandi corridoi che disimpegnano le camere e gli studi dei docenti, la foresteria, le grandi aule, i laboratori, l'archivio e la biblioteca.

• Coperture
  • Copertura tradizionale a falde con struttura portante e secondaria in legno, manto in coppi laterizi.
• Struttura
  • Struttura portante in muratura continua in laterizio, intonacata e tinteggiata esternamente ed internamente. Copertura tradizionale in legno con mano in coppi laterizi.
• Pavimenti e pavimentazioni
  • Pavimentazioni interne miste: cotto, ceramica e marmi.
• Impianto strutturale
  • L'edificio si compone di due grandi corpi paralleli, uno dei quali affacciato su Canalchiaro, collegati da un elemento ad essi perpendicolare, ripropongono per tutta l'estensione del complesso l'antico e usuale schema conventuale a tre sezioni; corridoio centrale e stanze su ambo i lati.

• XVII sec ‐ XVII sec (tamponamento  loggia )
  • Di estrema e deprecabile importanza, come modifica dell'immagine urbana originale del complesso, è stata la chiusura della loggia costruita alla fine del XVII secolo posta sul lato settentrionale e prospiciente il sagrato della chiesa di S. Francesco. La scomparsa della loggia, che dava accesso diretto al Chiostro dall'esterno, è una delle operazioni più radicali dell'intervento del Soli e sottolinea emblematicamente il mutare della funzione da Monastero Francescano a Seminario. Infatti la loggia aperta ai pellegrini, caratteristica di molti monasteri, sostanziale momento di apertura al mondo esterno, risultava estranea alla nuova funzione, e questa fu probabilmente la ragione della sua cancellazione.
• XVIII sec ‐ XVIII sec (lavori interni intero bene)
  • Nella storia dell'edificio, rivestono particolare importanza e significato le opere eseguite negli anni Trenta di questo secolo, confrontabili anche se di minore entità con quelle compiutevi uno o due secoli prima. Infatti, le opere ascrivibili al XVIII secolo dettero all'edificio lo scalone, i vani voltati del corpo centrale e il Chiostro così come li constatò Giuseppe Soli nel 1793.
• 1774 ‐ 1825 (destinazione d'uso intero bene)
  • Il Monastero, costruito dai francescani nel XIII secolo, resta tale fino al 1774, anno in cui vi prendono posto i Signori della Missione; diventa caserma il 14 luglio 1798, ed è infine destinato con atto ducale del 19 marzo 1825 ad uso del Seminario.
• 1826 ‐ 1826 (trasferimento intero bene)
  • Il Seminario Metropolitano di Modena, dalla sua vecchia sede adiacente alla Cattedrale, si trasferisce nello stabile del Convento Francescano il 30 ottobre 1826.
• 1826 ‐ 1835 (lavori di adattamento intero bene)
  • Lavori di adattamento alla nuova funzione, ingentissimi e costosi, si svolgono nel decennio compreso fra il 1826 e il 1835. Dell'assetto architettonico e distributivo, precedente all'inizio delle opere di ristrutturazione progettate dall'architetto di corte Gusmano Soli e da lui dirette sino alla sua prematura morte avvenuta nel 1830, abbiamo testimonianza da un'immagine d'epoca e soprattutto dalle planimetrie redatte dall'architetto Giuseppe Soli padre di Gusmano e datate 1792.
• 1830 ‐ 1840 (tamponatura loggia )
  • La cancellazione della loggia avvenuta fra il 1830 e il 1840 e tuttavia esistente ancora con le colonne in mattoni all'interno del corpo murario realizzato, ha determinato uno spazio chiuso entro il quale è stata sviluppata la scala di accesso ai vani attribuiti in uso alla Chiesa di S. Francesco. Motivi ricorrenti delle opere edilizie che si sono succedute nel complesso edilizio del Seminario durante il XIX secolo, sono dovute alla necessità di dare ospitalità al numero sempre crescente di chierici e di far fronte alle mutate esigenze dell'Istituto, collegate all'evoluzione dei metodi didattici. Subito dopo l'unificazione del 1861, il Seminario vive la crisi dell'avvento dello stato unitario ed è per breve tempo occupato da reparti di cavalleria dell'esercito italiano.
• 1900 ‐ 1910 (sostituzione pavimenti)
  • Nei primi anni del 1900 si eseguì rifacimento in calcestruzzo della pavimentazione del chiostro in sovrapposizione ad un pavimento in mattoni preesistente per innalzare il piano di calpestio e migliorarne consistenza e continuità superficiale. Assieme a questa operazione vennero disinvoltamente rifatti in cemento i basamenti delle colonne.
• 1919 ‐ 1919 (cambio di destinazione d'uso intero bene )
  • La Prima Guerra Mondiale lo trasforma temporaneamente in ospedale per restituirlo alla propria funzione nel 1919.
• 1926 ‐ 1926 (lavori interni intero bene)
  • È di questi anni il lavoro di abbattimento delle mura urbane iniziato prima della fine del secolo e che si concluderà nel 1926.
• 1930 ‐ 1938 (ristrutturazione intero bene )
  • Seguì la ristrutturazione di Gusmano Soli del 1830 e infine le opere degli anni 1930-38 che hanno realizzato alcuni spostamenti radicali, come lo scambio di ubicazione fra Cappella e Biblioteca e il rivestimento marmoreo dello scalone settecentesco. L'allontanamento della biblioteca dalle adiacenze del chiostro, luogo ideale per la lettura, lo studio e la meditazione, riesce di difficile comprensione; appare invece più chiaramente comprensibile e logicamente funzionale lo spostamento della cappella, trasferita dal luogo remoto del secondo piano, al piano terreno nell'area della ex biblioteca.
• 1936 ‐ 1936 (trasferimento a piano terra cappella)
  • L'operazione di trasferimento della cappella dal piano secondo al piano terreno incontrò alcune difficoltà, risolte con un massiccio intervento sulle strutture portanti. Ai lavori della nuova cappella seguì immediatamente il rifacimento in marmo dello scalone monumentale nel rispetto delle sue strutture originarie, (opera documentata dalla lapide commemorativa murata nello stesso vano) e l'anno successivo, 1936, la sostituzione in marmo di Carrara della pavimentazione del corridoio al secondo piano.
• 1946 ‐ 1946 (restauro lato meridionale )
  • La seconda guerra mondiale segna profondamente il lato meridionale che subisce danni rilevanti sia per le bombe cadute nel cortile che negli adiacenti viali. I lavori di riparazione, prontamente intrapresi, consentono all'Istituto di riprendere regolarmente le proprie funzioni già nei primi mesi del 1946.
• 1953 ‐ 1953 (lavori interni intero bene)
  • Agli anni successivi appartengono i lavori di sistemazione della zona refettorio dei Superiori, la soffittatura piana della volta a padiglione a est del refettorio e l'installazione dell'impianto di riscaldamento a termosifone successivamente a più riprese ampliato e modificato. Per dare sede alla tipografia TEIC, nel 1953, si procede alla costruzione, in luogo di un rustico preesistente, del padiglione disposto lungo il muro di confine, sul lato dell'attuale viale delle Rimembranze.
• 1963 ‐ 1963 (lavori interni  intero bene)
  • Dieci anni dopo (1963), per dare maggior spazio all'Agenzia della Banca Popolare di Modena, con un intervento eccessivamente disinvolto, si eliminano le strutture interne dell'ammezzato compreso fra l'androne centrale e quello meridionale.
• 1981 ‐ 1993 (ristrutturazione intero bene)
  • Dal 1981 al 1993 il Seminario di Modena ha avuto importanti opere di restauro, ristrutturazione e consolidamento.

• presbiterio ‐ aggiunta arredo (1960-1970)
  • A piano terra, nel 1936 è stata trasferita la Cappella dove da cento anni è venerata la Madonna del Sì. La Cappella interna la Seminario Metropolitano, è ad aula unica. La zona presbitariale, sopraelevata dall'aula da un gradino, presenta centrale l'altare in marmo bianco. Alle spalle del celebrante la sede in legnami, alla sua destra l'ambone in marmo e legno e alla sua sinistra il tabernacolo.