Le prime notizie che si hanno sull'insediamento, di origine Alto Medioevale, di Farnetta confermano la sua appartenenza alle cosiddette Terre Arnolfe fino agli inizi del XIII secolo, quando entrò nell’orbita del Contado di Todi, divenendo un suo avamposto di frontiera verso Amelia e Narni, per essere poi inglobata nel Plebato di Santa Vittorina di Dunarobba.
Il borgo prenderebbe il proprio nome dal "quercus frainetto", un tipo di albero molto comune nei boschi delle limitrofe campagne.
La fondazione della Chiesa di San Nicolò risale al XV secolo, eretta senz'altro dopo il 1467. Si tratta di un impianto ad aula unica, intonacata e tinteggiata, coperta con volta a botte, sviluppata su tre campate, sorretta da sottarchi poggianti, al di sotto dell'elaborato cornicione, su paraste tuscaniche.
Il presbiterio, leggermente più stretto della navata ed introdotto da un arco di trionfo piuttosto articolato, è sollevato di tre gradini e termina in un'abside semicircolare, coperta a catino. Due nicchie, una per parte, ospitanti altrettanti altari laterali in muratura stuccata, si aprono lungo i fianchi della navata, filtrata da una bussola lignea.
La facciata classica si presenta a coronamento orizzontale, su due ordini sovrapposti, ognuno articolato in tre partiti verticali da quattro paraste, cantonali e centrali, in stile tuscanico come tutte le modanature e le decorazioni presenti.
Il suo grado di finitura è in mattoni laterizi a facciavista; al timpano di coronamento centrale, sopra di un'ampia finestra rettangolare coperta ad arco, corrisponde quello, più piccolo, che sormonta il portale ligneo d'ingresso, montato su sei gradini esterni in pietra.
La torre campanaria in pietra, coperta a cuspide, si erge sul retro dell'edificio.

• Impianto strutturale
  • Edificio in muratura continua coperto con volta a botte.
• Struttura
  • Strutture verticali: pareti in muratura di pietra calcarea e laterizio. Strutture di orizzontamento: copertura in latero-cemento.
• Pavimenti e pavimentazioni
  • La pavimentazione è realizzata con lastre di travertino nell'aula e con lastre di peperino nel presbiterio.

• XV sec. ‐ XV sec. (costruzione intero bene)
  • La fondazione della Chiesa di San Nicolò risale al XV secolo, eretta senz'altro dopo il 1467. Giovan Battista Alvi, nel suo "Dizionario topografico tudertino", manoscritto redatto nel 1765, riporta infatti: «Chiese moderne ed introdotte dopo il 1467: S. Nicolò a Farnetta. Si pone questa chiesa lasciata addietro tra l'altre chiese della quale nella visita apostolica si trova Rettore-Parroco Bartoluccio di Antonio da Viepri».
• XV sec. ‐ XVII sec. (notizie carattere generale)
  • La nuova Chiesa di San Nicolò venne a sostituire la precedente, titolata a San Silvestro, la cui immagine fu qui trasportata. Per tutto il periodo tra il XV ed il XVII secolo la chiesa di Farnetta fu infatti riportata sotto il titolo di San Silvestro e San Nicolò.
• 1735 ‐ 1735 (restauro intero bene)
  • Una piccola epigrafe conservata all'interno della chiesa, recante solo la data del 1735, accompagnata dal nome della famiglia Nevi, testimonia probabilmente di un intervento nell'edificio, legato forse all'erezione del vicino altare laterale.
• 1833 ‐ 1833 (decrizione intero bene)
  • L'inventario della "Cura del Castello di Farnetta", redatto nel 1833, descrive la "Chiesa Parrocchiale di S. Niccolò", senza fonte battesimale, situata "subito l'ingresso e vicino alla seconda porta del Castello sudd.o con Cemeterio", con tre altari, ma bisognosa di "vari ristauri".
• 1844 ‐ 1866 (descrizione intero bene)
  • Un successivo inventario, risalente agli anni tra il 1844 ed il 1866, ricorda la presenza dell'altare maggiore "sotto l'Invocazione di S. Niccolò", con altri "due altari e cappelle, una sotto l'Invocazione della Vergine del Rosario, l'altro sotto il Titolo del SSmo Sagramento".
• 1878 ‐ 1895 (ristrutturazione intero bene)
  • Una ampia lapide commemorativa, datata 1895, collocata sulla parete di controfacciata ricorda una radicale ristrutturazione, o ricostruzione, della chiesa, voluta dal Parroco Don Raffaele Nevi, riguardante sia il corpo del tempio, sia il campanile, oltre alla canonica, opera che il sacerdote non poté veder compiuta a causa della morte nel 1878.
• 1939 ‐ 1939 (descrizione intero bene)
  • Il verbale di presa di possesso dei beni della Parrocchia di San Nicolò in Farnetta, redatto il 9 marzo 1939, descrive la chiesa "composta di una navata con altar maggiore e due laterali ed attigua sagrestia", il tutto in buone condizioni.
• 1947 ‐ 1947 (descrizione intero bene)
  • Il "Verbale di verifica sullo stato di consistenza della Chiesa Parrocchiale di S. Niccolò in Farnetta", redatto nel 1947, colloca la chiesa "all'ingresso della Frazione", con la facciata verso mezzogiorno, "costruita in mattoni, mentre le altre pareti sono in muratura mista di mattoni e pietrame", "costituita di una sola navata rettangolare, con abside sul fondo, in cui si trova l'altar maggiore", ed altri due altari sulle pareti laterali, "l'uno di fronte all'altro". La pavimentazione viene definita in "tavelle pressate" in buono stato, come gli intonaci e le pareti. Il "portone in legno di castagno in ottimo stato", con soglia in travertino, viene descritto "di recente costruzione".
• 1954 ‐ 1954 (opere ingresso)
  • La realizzazione delle "scale esterne della Chiesa parrocchiale in travertino", precedentemente in mattoni, è documentata nell'anno 1954.
• 1983 ‐ 1983 (restauro copertura)
  • Un intervento di rifacimento della copertura, in latero-cemento, con realizzazione di sottostante cordolo di coronamento e recupero del manto preesistente in coppi, è documentato nel 1983.
• 1990 ca. ‐ 1990 ca. (restauro interno)
  • L'ambiente interno della chiesa è stato oggetto di opere di restauro eseguito all'inizio degli anno '90 del secolo scorso.

• altare ‐ intervento strutturale (1980 ca.)
  • Altare costituito da una mensa lignea, con paliotto in marmo fissato su montanti metallici.
• ambone ‐ aggiunta arredo (1980 ca.)
  • Ambone costituito da un mobile ligneo con leggio sovrastante.