Kurt Rathe si formò presso l'Akademische Gymnasium di Vienna. Dal 1904 studiò storia, storia dell'arte e archeologia classica all'Università di Vienna. Nel 1908 conseguì il dottorato sotto la guida di Julius von Schlosser. Dal 1907 al 1908 fu anche membro associato dell'Institut für Österreichische Geschichtsforschung. Dal 1910 al 1918 fu impegnato presso la Kupferstichsammlung della Hofbibliothek di Vienna. Lavorò in seguito come studioso indipendente. Amico di storici dell'arte come Fritz Saxl, Hans Tietze, Erica Tietze-Conrat e Rudolf Berliner, fu anche membro del consiglio direttivo della Gesellschaft zur Förderung moderner Kunst in Wien in qualità di segretario. Fino al 1937 visse a Vienna; dal 1937 fino alla morte risiedette a Roma. Durante l'occupazione tedesca della città (1943-1944), rimase nascosto in condizioni materialmente difficili e fu sostenuto da Hubert Jedin. Ispirato dallo storico tedesco suo protettore, raccolse materiale per uno studio sull'iconografia del concilio di Trento, una ricerca che lo occupò fino alla morte.